Generalmente se considera que el Yeguas nace de la confluencia del río Cereceda con el río del Pueblo, en el término municipal ciudadrealeño de Fuencaliente, donde toma el nombre de río Pradillo. Desde su nacimiento fluye en dirección noroeste-sureste por la provincia de Ciudad Real, cambiando más adelante en la provincia de Jaén en dirección norte-sur hasta desembocar en el Guadalquivir, entre los términos de Montoro y Marmolejo. Poco antes de su desembocadura se forma el embalse de Yeguas.
El río Yeguas trasncurre por parajes serranos de baja montaña durante casi todo su recorrido y solamente en su tramo final atraviesa una zona de campiña. Uno de los rasgos más singulares del río es que no atraviesa ningún núcleo de población y las edificaciones rurales están muy dispersas, por lo que se caracteriza por ser un entorno natural. Además, al servir de límite entre dos parques naturales, casi todo su curso está protegido.[3]
Afluentes
Los principales afluentes del Yeguas, en dirección aguas abajo, son: