La mayoría de sus escritos anteriores a esta época, leyendas de santos y poemas, no han sido preservados. Desde ca. 1110 hasta su muerte en 1129 Ruperto desarrolló una prolífica labor literaria, de gran influencia en los teólogos del siglo XII, sobre todo aquellos del ámbito de lengua alemana.[cita requerida]
Participó en los debates de su tiempo como exégeta y teólogo.[2] Fue debido a los ataques de sus oponentes dogmáticos que hacia el año 1113 Ruperto se recluyó en la abadía benedictina de San Miguel, en Siegburg.[cita requerida] En Lieja, fue desde 1115 profesor de Wibaldo, futuro abad de Stavelot.[1][3]
En 1119 fue elegido abad de la abadía benedictina de San Heriberto en Deutz, una pequeña localidad situada en la orilla derecha del río Rin, frente a Colonia, con la que estaba comunicada por dos puentes, de modo que funcionaba como un suburbio de esta ciudad. Falleció en 1129 en la abadía de Deutz.[2]