La PrvaLiga de Eslovenia 1999/00 fue la novena edición de la máxima categoría del fútbol esloveno. Inició el 1 de agosto de 1999 y finalizó el 20 de mayo de 2000. El campeón fue el NK Maribor por cuarta vez consecutiva.
Tabla de posiciones
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; Dif = Diferencia de goles; Pts = Puntos
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Liga de Campeones de la UEFA
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Copa de la UEFA
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Copa Intertoto de la UEFA
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Descenso a la 2. SNL
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