En Troya se convierte, siempre con su hermano, en médico del bando aqueo:
[Macaón y Podalirio] fueron de gran ayuda a los griegos en esta guerra, tratando con mucho éxito a los que resultaban heridos. Por eso adquirieron una enorme reputación y la necesidad que se tenía de su arte fue la causa que los eximió del combate y de todas las demás funciones militares.
Otros dicen que Macaón sólo practicaba la cirugía y era Podalirio el que curaba las enfermedades.[2]
Se ocupa así de curar a Filoctetes, poseedor del arco y las flechas de Heracles, y sin el cual, según el oráculo de Héleno, Troya no podría tomarse. Sin embargo, en la Ilíada se habla de uno de los dos hermanos herido y del otro que «sostiene vivo combate en la llanura troyana».[3]
Según cuenta el Pseudo-Apolodoro, Podalirio eligió la vía terrestre al final de la guerra, y formó parte de los que enterraron en Colofón al adivino Calcas.[5] Después consultó al oráculo de Delfos para saber dónde establecerse, y el consejo fue el «de instalarse en la ciudad donde, si el cielo cae, no sufrirá ningún daño». Se instala, pues, en el Quersoneso de Caria, en un valle rodeado de montañas.[6]
