Nombre de Dios fue el primer puerto en el continente de la Flota de Indias. Se construyó una carretera de piedra de unos 80 km, conocida como «Camino Real», que iba desde Nombre de Dios a la Ciudad de Panamá.[8] Esta carretera conectaba por tierra las rutas comerciales de la Flota de Indias con la Armada del Mar del Sur que partía de Callao.[8]
Nombre de Dios estaba situada cerca de una ciénaga insalubre, en un lugar muy difícil de fortificar, por lo que fue perdiendo importancia progresivamente. Así, fue saqueada en 1572 e incendiada en 1596 por Francis Drake.[9][8]
Después de 1596, la Flota de Indias cambió Nombre de Dios por la cercana (y más fácilmente fortificable) ciudad de Portobelo.[8] La ciudad quedó casi abandonada.
En la actualidad, pertenece al distrito de Santa Isabel, y es la cabecera del homónimo corregimiento de Nombre de Dios.