El sistema montañoso entre las hoces del Ebro y Pancorbo está formado por varios bloques montañosos pero desde Pancorbo a Haro se ve como una barrera bastante continua y uniforme, por lo que aún llamándose de la misma forma suelen ser tratados como secciones diferentes.
Algunas organizaciones ecologistas están especialmente implicadas en su defensa, dado que estiman que el parque natural está en peligro ante la posible construcción de la autopista AP69, también denominada Dos Mares cuyo trazado discurre por el parque natural.
La Autopista Dos Mares que preveía unir la A-67, a la altura de la localidad cántabra de Reinosa, con la ciudad burgalesa de Miranda de Ebro y de este modo unir la Cornisa Cantábrica con el Levante español a través de la AP-68 y la AP-2 o la A-23, fue descartado debido a su negativo impacto ambiental sobre espacios naturales como el parque natural de Montes Obarenes-San Zadornil en la comarca burgalesa de Las Merindades o el espacio natural del Embalse del Ebro en la comarca cántabra de Campoo-Los Valles.
El 14 de agosto de 2010 el Boletín Oficial del Estado se publicó la resolución de la Secretaría de Estado de Cambio Climático del Ministerio de Medio Ambiente, Medio Rural y Marino, en la que se formuló una Declaración de Impacto Ambiental (DIA) desfavorable a la realización del proyecto del estudio informativo de la citada autopista para el tramo A-67-Miranda de Ebro, al concluir que dicho proyecto "previsiblemente causará efectos negativos significativos sobre el medio ambiente". Así mismo la DIA señaló que las medidas previstas por el promotor no son "una garantía suficiente de su completa corrección o su adecuada compensación".
Otro proyecto abandonado fue la creación de un parque temático junto al parque.[1]
Los tres pasos históricos entre la meseta y la llanada en esta zona han sido el desfiladero de Pancorbo, la Hoz de Morcuera junto a Cellorigo y las Conchas de Haro.
Varias vías de comunicación utilizan estos y otros pasos en la zona:
Antigua carretera LO-732 de Santo Domingo de la Calzada a Miranda de Ebro. Ahora nombrada Foncea-Bugedo, LR-304 en el tramo riojano, BU-732 en el tramo burgalés.
Antigua carretera LO-792 de Tirgo a Miranda. Ahora LR-301 en el tramo riojano, BU-734 en el tramo burgalés.
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