Su bufete fue durante décadas uno de los más prestigiosos de España y también se le considera como el principal impulsor de la carrera política de su yerno, el conde de Romanones. Se considera como uno de sus logros más importante conseguir la aprobación del Código Civil español por Ley de 11 de mayo de 1888 tras la consiguiente tramitación parlamentaria, para lo cual tuvo que afrontar severas críticas por parte de los seguidores de la escuela histórica, cuyo principal representante en la época era Manuel Durán y Bas.
Con el derrocamiento de Isabel II abandonó la vida política. En 1869 fue elegido presidente de la Real Academia de Jurisprudencia y Legislación y ejerció como jurista y escritor. En 1875, tras la restauración de la monarquía en la persona de Alfonso XII, fue nombrado presidente de la comisión que habría de redactar el proyecto de Constitución de 1876.
En 1881 fue nombrado ministro de Gracia y Justicia bajo la presidencia de Práxedes Mateo Sagasta, cargo desde el que participó activamente en la redacción del Código Civil. Alonso Martínez fue partidario de la codificación del derecho civil español para poner solución a los problemas a los que se enfrentaban los jueces a la hora de establecer la prelación entre distintas normas que regían en diferentes zonas de España. Siendo ministro de Gracia y Justicia, en un discurso clave de 1881, llegó a decir: «Nuestro derecho civil es la imagen del caos...».[1] Y explicitaba en qué consistía ese caos del que hablaba:
El statu quo, lo mismo en las provincias de derecho común que en las de régimen foral, es la prolongación de la anarquía legislativa, la cual lleva tras sí, como obligado cortejo, la duda e incertidumbre en los derechos del ciudadano, el desconocimiento de sus deberes, la confusión y el embrollo en las discusiones judiciales, la variedad y contradicción en los fallos, la arbitrariedad judicial, la aglomeración de pleitos dispendiosos que o no llegarían a establecerse o se resolverían pronto y fácilmente con un Código conciso y claro.[2]
Además de la simplicidad legal, Alonso Martínez también estaba a favor de la codificación por considerarla un instrumento político que favorecería la unidad nacional.[3] Consideraba la codificación de la legislación civil como un primer paso hacia la unidad legislativa total, o casi total, en todo el territorio español.[4] Este principio de unidad legislativa estaba recogido en la Constitución de 1876, así como en las anteriores, que la última había mantenido. Por todo ello, él mismo se declaró, en su famoso discurso de 1881, firme defensor de la codificación: «Lo declaro franca y noblemente, mi sueño dorado es la publicación del Código civil...».[5]
Aunque perteneció al movimiento liberal, Alonso Martínez destacó por convicciones más propias del Antiguo Régimen. Convencido de que llevar al extremo las libertades individuales de los hombres podía llevar a situaciones caóticas, creía en la sociedad organizada jerárquicamente. Así, mantenía el discurso aristotélico y se enfrentaba no solo a cualquier teoría socialista, sino al pensamiento krausista igualmente.
Era partidario de la unión de los pueblos en comunidades políticas cada vez más grandes y se declaraba reticente a la influencia de los localismos.[6]