Wörner era el nieto de Hermann Aldinger, comandante de la Legión Cóndor, que después ascendió a general de la Luftwaffe en 1945. Creció en la casa de su abuelo, en Stuttgart-Bad Cannstatt donde visitó el Johannes-Kepler-Gymnasium. Se casó con Elfie Wörner, que ayudaba a varias agencias humanitarias relacionadas con el ejército alemán y que murió de un tumor el 4 de julio de 2006.
Medalla Manfred Wörner
Desde 1996, el Ministerio de Defensa alemán viene premiando con la medalla Mandred Wörner a los personajes públicos que han cosechado "méritos especiales en el servicio a la paz y libertad en Europa".