Mammillaria matudae primero crece de forma individual. Los brotes individuales germinan delante de la base y forman grupos más grandes. El tallo de la planta es cilíndrico y de 10 a 20 centímetros de alto y sólo 3 centímetros de diámetro. Las axilas están desnudas. Las 18 a 20 espinas radiales son de entre 2 a 3 milímetros de largo y afiladas. Son translúcidas blancas, con la base de color amarillento. Una espina central aparece hacia arriba, con aguja moderada, un poco suave, de color marrón en la edad y de 5 milímetros de largo. Las verrugas son firmes y cónicas. Las flores son pequeñas en forma de embudo y de hasta 12 milímetros de tamaño y de color púrpura. Los frutos son de color rojo con puntos verdes de 12 milímetros de tamaño. Las semillas son de color marrón claro.
Mammillaria: nombre genérico que fue descrita por vez primera por Carolus Linnaeus como Cactus mammillaris en 1753, nombre derivado del latínmammilla = tubérculo, en alusión a los tubérculos que son una de las características del género.