En los 90, la Juventud Sandinista continuó trabajando desde abajo, participando activamente en las luchas por los derechos del pueblo, apoyo a la lucha estudiantil de UNEN por la asignación del 6% del presupuesto nacional para las universidades, trabajo organizando y aglutinando a los jóvenes para apoyar las diferentes elecciones que se llevaron a cabo.
En el 2006, tras el triunfo del Daniel Ortega Saavedra en las elecciones generales, inició un proceso de reestructuración y organización, con el objetivo de ser punta de lanza nuevamente de los programas sociales que realizaría exitosamente el gobierno sandinista, tales como la Campaña Nacional de Alfabetización, Programa Todos con Voz, Reforzamiento Escolar, Reforestación, impulso del deporte y la cultura.
La organización tiene una estructura sólida y presencia en todo el territorio nacional, está compuesta por seis movimientos juveniles: Promotoría Solidaria (la cual acompaña a la población en desastres, siniestros y lutos, entrega de alimentos a personas discapacitadas, madres de héroes y mártires, entre otros), Red de Jóvenes Comunicadores, Movimiento Deportivo Alexis Argüello, Movimiento Ambientalista Guardabarranco, Movimiento Cultural Leonel Rugama y Movimiento Estudiantil FES (Federación de Estudiantes de Secundaria).