Fue elegido para representar al Estado de Guanajuato (en cuya jurisdicción quedó su ciudad natal) durante las siguientes tres legislaturas. En 1830 fue elegido senador por el Estado de Jalisco. Fue presidente de la Cámara de Diputados en tres ocasiones, fue parte del grupo de diputados que defendía el federalismo.[9]
"Al ir a recibir la diócesis, en las afueras de la vieja Valladolid, hoy Morelia, y ante la muchedumbre que se había reunido para darle la bienvenida, el Cabildo de la Catedral le entregó un báculo de oro y el Ayuntamiento otro de plata, para que apoyado en ellos penetrara a pie, bajo palio. Entonces el señor Portugal mandó que le trajeran el báculo de don Vasco de Quiroga que era de madera, y portándolo con veneración, llegó hasta la Catedral..."[3]
Una vez que tomó posesión de su mitra, realizó una gira de dos años por su diócesis. Propuso a la Santa Sede y al gobierno la necesidad de dividirla. El 12 de mayo de 1834 salió desterrado de Michoacán en consecuencia de la desobediencia al decreto del presidente Valentín Gómez Farías relativo al nombramiento de dignidades eclesiásticas, instalándose en el Convento de San Joaquín en la Ciudad de México, sin renunciar a su titularidad episcopal.
Ministro de Justicia y Negocios Eclesiásticos
Depuesto Gómez Farías, su sucesor Antonio López de Santa Anna derogó el decreto anterior el 31 de junio de 1834, nombrando a Gómez de Portugal Ministro de Justicia y Negocios Eclesiásticos de su gobierno, cargo que ejerció bajo renuncia de sueldo hasta el 25 de noviembre del mismo año, cuando renunció por oposición a diversas políticas gubernamentales.
Últimos años y elevación cardenalicia
Restableció su labor episcopal en Michoacán en 1845, y en 1855 publicó una carta pastoral en la cual defendió la independencia de la Iglesia católica frente al Estado.
Murió el 4 de abril de 1850 en la ciudad de Morelia, sede de su episcopado. El 11 de mayo del mismo año llegó a Morelia la carta del cardenalGiacomo Antonelli, secretario de Estado pontificio, la cual anunciaba su elevación a la dignidad cardenalicia por parte del papaPío IX[12], siendo con ello el primer clérigo nacido en América en recibir tal dignidad[3], aunque no la haya llegado a disfrutar. No volvió a haber un nombramiento similar hasta el del cardenal Garibi, arzobispo de Guadalajara, en 1958.
La Cuesta de Portugal, en la ciudad de Pátzcuaro, está nombrada en su honor.
Obras
Enérgica y razonada protesta contra la célebre ley del 11 de enero de 1837, documento elogiado por el papa Pío IX
Protesta del Ilmo. Sr. Obispo de Michoacán contra la ley del 11 de enero de 1847
Pastoral de Michoacán (1849)
Los seudoliberales, o la muerte de la República Mexicana (1851)
Pastoral del Ilmo. Sr. Dr. D. Juan Cayetano G. de Portugal, dignísimo obispo que fue de Michoacán (recopilación póstuma, 1852).
Sosa, Francisco (2006). «Portugal, Juan C.». Biografías de mexicanos distinguidos (4a. edición). México: Porrúa. pp. 630-632. ISBN970-07-6667-5.|fechaacceso= requiere |url= (ayuda)
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