Tras la detención de su exasesor, Koldo García, acusado de presunto cobro de comisiones ilegales en la compra de mascarillas, la ejecutiva federal del Partido Socialista solicitó su dimisión como diputado en las Cortes Generales a finales de febrero de 2024. Tras la negativa de Ábalos a renunciar al escaño, fue expulsado del partido y se integró en el grupo mixto.[3]
Ábalos empezó su carrera política como jefe de gabinete del delegado del gobierno en la Comunidad Valenciana, en 1983. Posteriormente fue jefe de gabinete del conseller valenciano de trabajo y secretario general de la agrupación socialista de València Nord. Más tarde, en 1995 se convirtió en secretario general de la Agrupación Socialista de Valencia, tras imponerse en un congreso comarcal al historiador Javier Paniagua. Fue elegido 4 años más tarde, en 1999, como concejal del Ayuntamiento de Valencia, donde permanecería hasta 2009.[11][12] Durante este período en la política local, también fue diputado provincial y portavoz del grupo municipal socialista en el consistorio.[12] En el congreso del PSPV-PSOE de 2000 se presentó a la secretaría general del partido en la Comunidad Valenciana, pero fue derrotado por Joan Ignasi Pla. No obstante, consiguió el cargo de vicesecretario general del PSPV-PSOE, que ejerció durante algunos años. En 2009 se convirtió diputado en el Congreso por la circunscripción de Valencia, ocupando el escaño vacante por la renuncia de Inmaculada Rodríguez-Piñero,[13] Ocasionalmente ha colaborado como columnista en el diario ABC. Ejerció de secretario general del PSPV en Valencia entre 2012 y 2017.
Fue elegido como portavoz del grupo socialista en el Congreso de los Diputados de manera interina desde el 24 de mayo de 2017 —después de las primarias de su partido y la dimisión de Antonio Hernando— hasta el 19 de junio de 2017, tras la finalización del congreso federal en el que le sustituyó Margarita Robles,[14] pasando a ser secretario de organización del PSOE.
Con la formación del segundo Gobierno de Pedro Sánchez, este confirmó a Ábalos en la cartera de Fomento, ahora renombrada Ministerio de Transportes, Movilidad y Agenda Urbana, tomando posesión del cargo junto al resto de ministros el 13 de enero de 2020.[16] Manteniendo las mismas competencias que el Ministerio de Fomento, la redenominación del departamento obedeció a la voluntad de resaltar hacia dónde irían los esfuerzos centrales de este.[17]
El mandato de Ábalos estuvo marcado por importantes cambios en el ámbito ferroviario. Por un lado, se reformó el Reglamento de Circulación Ferroviaria para establecer la obligatoriedad, en las líneas de ancho ibérico, estándar europeo y ancho métrico, de utilizar el sistema ASFA digital, abandonando el sistema ASFA analógico.[18] Esta obligación entró en vigor el 1 de enero de 2019 para las dos primeras[18] y el 1 de enero de 2022 para la segunda.[19] Por otro lado, y probablemente el más relevante, se culminó el proceso de liberalización del transporte ferroviario en España, objetivo planeado desde los años 1990. Así, en mayo de 2021 la empresa francesa Ouigo entró en el mercado español para competir con la empresa pública Renfe Operadora.[20][21] Todo esto derivó en la creación de la Dirección General de Planificación y Evaluación de la Red Ferroviaria para hacer frente de manera eficaz a los nuevos retos del sistema ferroviario.
En 2020 se dio a conocer un encuentro de Ábalos, durante la madrugada del 19 de enero, con una delegación venezolana en el aeropuerto de Barajas en el que, además de con el ministro de Turismo venezolano Félix Plasencia —asistente a Fitur— coincidió con la vicepresidenta de dicho país, Delcy Rodríguez, quien tenía prohibición de entrada al espacio Schengen.[23][24] Tras negarlo inicialmente, Ábalos admitió haber mantenido una conversación con Rodríguez, añadiendo que solicitó a esta que procurara no bajar del avión.[25][26] Posteriormente, se hizo público que, ese mismo día, se produjo una segunda reunión de 20 minutos, en una sala VIP de la compañía Sky Vallet en el aeropuerto.[27] A pesar de que el asunto acabó en los tribunales, tanto el Tribunal Supremo como la Audiencia Provincial de Madrid archivaron el asunto entre 2020 y 2021, al no encontrar indicios de delito.[28][29][30]
El 10 de julio de 2021 se anunció su salida del equipo de Gobierno de Pedro Sánchez, siendo sustituido por Raquel Sánchez Jiménez.[31]
Tras abandonar el Gobierno de la Nación, Ábalos se centró en su labor como parlamentario, siendo elegido presidente de la Comisión de Interior del Congreso de los Diputados el 30 de septiembre de 2021.[32] Tras ser reelegido diputado por Valencia en las elecciones generales de 2023,[33] fue confirmado como presidente de la mencionada Comisión para la XV legislatura.[34]
El 20 de febrero de 2024 un exasistente personal y chófer de Ábalos, Koldo García Izaguirre, y su mujer fueron detenidos por agentes de la Unidad Central Operativa de la Guardia Civil acusados de presunto cobro de comisiones ilegales en la compra de mascarillas.[35]
Tras numerosas llamadas a dimitir de sus cargos, tanto desde dentro del Partido Socialista como desde fuera, el 26 de febrero Ábalos renunció a su cargo como presidente de la Comisión de Interior del Congreso de los Diputados,[36] pero rechazó dimitir como diputado, integrándose en el Grupo Mixto con el objetivo de «defender su honor».[3]
El 27 de febrero de 2024, el PSOE, a través de una resolución firmada por Santos Cerdán, suspendió a José Luis Ábalos como militante del Partido Socialista ante su negativa a entregar el acta de diputado y pasarse al Grupo Mixto.[37] A comienzos de marzo, Ábalos recurrió ante el PSOE su suspensión cautelar de militancia, al haberse negado a entregar el acta de diputado, ya que no estaba imputado.[38]