La aerolínea fue fundada el 20 de junio de 1967 como Southwest Air Lines (南西航空/Nansei Kōkū), y comenzó a operar en julio de 1967. Cambió su nombre en 1993. Tiene 754 empleados (en marzo de 2007) y es propiedad de Japan Airlines (51.1%), Terminal del aeropuerto de Naha (17%), Prefectura de Okinawa (12.9%) y otros (19.1%)[3]
Operó con aviones Convair 240 hasta que la inversión de JAL permitió mejorar a los NAMC YS-11, y ocasionalmente Boeing 737. JTA utilizaba los aviones de JAL en caso de fallar algunos de los suyos. JTA también proporciona labores de mantenimiento a los Boeing 737-400 de JAL Group. JTA posee el 69.8% de Ryukyu Air Commuter.