En 1525, Luque se asoció con Francisco Pizarro y Diego de Almagro y los ayudó a conseguir financiamiento para su campaña de exploración y eventual conquista de Perú. Luque obtuvo 30 mil pesos de Gaspar de Espinosa[4]. Pizarro se encargó de usar el dinero para reclutar una avanzadilla de soldados, mientras que Almagro se encargaba de preparar un barco de víveres para suministrar la expedición.
En la capitulación de Toledo, del 26 de julio de 1529, que firmó Francisco Pizarro con el emperador Carlos I de España, Hernando de Luque solicitó el obispado de Cuzco y se le nombró protector general de los indios. Dos años después formó una sociedad con Pizarro y Almagro, con el fin de organizar una expedición que prosiguiese lo explorado por Pascual de Andagoya en la conquista del Perú. Hernando fue clave en la campaña expedicionaria de Pizarro, debido a que fue él quién lo motivó a que continuara a pesar de los fracasos iniciales, incluyendo cuando solo quedaba él y otros 12 hombres en la Isla de Gallo.[3]
Murió en el año 1532, por lo que no pudo tomar posesión del Obispado del Cuzco ni participar en el repartimiento efectivo del botín obtenido por Pizarro y Almagro, luego de haber capturado a Atahualpa y al Imperio inca.[2]
↑Leon, P., 1998, The Discovery and Conquest of Peru, Chronicles of the New World Encounter, edited and translated by Cook and Cook, Durham: Duke University Press, ISBN9780822321460