Estas primitivas estructuras, trincheras y murallas de tierra apisonada, piedra y cal, pilotes y escombros, fueron reforzadas en tiempos del gobernador de la capitanía de Río de JaneiroCristóvão de Barros (1573-1575), dando al entences conocido como "Morro do Descanso" el nombre popular de Morro do Castelo, pero sólo se completaron durante el primer gobierno de Martim Correia de Sá (1602-1608)[2].
Cuando el corsariofrancésJean-François Duclerc invadió (1671-1711), la Fortaleza de São Sebastião lo recibió en el antiguo largo da Ajuda con una descarga de fuego de artillería de pequeño calibre (agosto de 1710). Reconstruida en 1710 por orden del gobernador de la capitanía, Francisco de Castro Morais (1710-1711), su artillería fue reforzada con piezas de la Fortaleza de São João. Así, en el momento de la invasión del corsario francés René Duguay-Trouin (septiembre de 1711), estaba armado con sólo cinco piezas [3] de hierro y bronce de diferentes calibres, mientras que el Reducto de São Januário tenía once piezas y el Fuerte de São Tiago otras cinco. Esta vez, por orden del mismo gobernador, la fortaleza no ofreció resistencia al invasor y fue evacuada junto con la ciudad.
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