Escobaria deserti crece de forma individual. Los tallos son cilíndricos y alcanzan un tamaño de entre 8 y 15 centímetros de altura y 6-9 cm de diámetro. Sus areolas son de 15 a 18 milímetros de largo. Las espinas se pueden distinguir con dificultad entre espinas centrales y radiales. Las cuatro a seis fuertes espinas centrales son blancas tienen una punta de color rojo y una longitud de 1,2 a 2 centímetros. Las 12 a 20 espinas radiales son blancas y de 1 a 1,2 centímetros de largo. Las flores son de color amarillo-verdoso al amarillo paja, marrón o de color óxido y tienen un diámetro de 2,5 a 4,5 centímetros. Las frutas miden hasta 2.5 cm de largo.
