El Obispado de Wiener Neustadt comparte un origen común con la Archidiócesis de Viena: el emperador del Sacro Imperio Romano GermánicoFederico III de Habsburgo trajo de su peregrinación a Roma la creación de nuevas diócesis para las capitales de corte de su reino. Entre 1468 y 1469 estableció una de esas diócesis en su residencia de Wiener Neustadt, que fue confirmada en 1469 por el papaPaulo II, separando del Arzobispado de Salzburgo a la ciudad de Wiener Neustadt, territorio al que estaba limitada la nueva diócesis, que fue declarada exenta, esto es, no sufragánea de ninguna archidiócesis sino unida directamente a Roma. Debido a la oposición de las autoridades responsables del obispado de Passau, el obispado de Wiener Neustadt, como el de Viena, sólo ocuparía los alrededores la ciudad y no podría extenderse al resto del país. El Papa también dio al emperador y a sus sucesores como duques de Estiria, los derechos de presentación de los obispos titulares de Wiener Neustadt.
La iglesia parroquial de Nuestra Señora y de San Ruperto se convirtió en la catedral de la diócesis. Pronto pareció que el tamaño de la diócesis resultaba inadecuado por pequeño, y el emperador intentó que la Orden de los Caballeros de San Jorge (creada para cumplir un voto del propio emperador y confirmada por Paulo II mediante bula papal el 1 de enero de 1469) se uniera al obispado.
Después de la Reforma Protestante la diócesis debió ser recatolizada pues los obispos estaban principalmente ocupados como capellanes de la corte, cargo que data de 1548. Cuando en 1722 Viena se convirtió en archidiócesis, la diócesis hasta entonces exenta de Wiener Neustadt fue incorporada al arzobispado metropolitano de Viena como sufragánea. En 1769 la parroquia de Theresienfeld fue asignada al obispado.
Final
La emperatriz María Teresa I de Austria fundó en 1751 la Academia Militar Teresiana en el Castillo de Wiener Neustadt y en 1773 creó el cargo de Obispo Castrense, y lo asignó para siempre al obispo de Wiener Neustadt, reivindicando tanto la residencia de éste en la ciudad de Wiener Neustadt, cerca de Viena, como también por su diócesis tan pequeña, con solo dos municipios para su atención pastoral.