El departamento de Yonne ha tenido, desde su creación, los siguientes cambios en su división política:[3]
1790 - Siete distritos: Auxerre, Sens, Joigny, Saint-Fargeau, Avallon, Tonnerre y Saint-Florentin; Auxerre fue seleccionada como prefectura del departamento.
1800 - Los siete distritos fueron cambiados en cinco arrondissements: Auxerre, Avallon, Joigny, Sens y Tonnerre.
1926 - Los arrondissements de Joigny y Tonnerre fueron eliminados.
↑«89-Yonne». Populations légales 2012 des départements et des collectivités d'outre-mer(en francés). Institut national de la statistique et des études économiques - INSEE. Consultado el 14 de enero de 2015.