En el siglo XVII contaba con una gran iglesia con forma de cruz latina, ocho capillas, tres sacristías y varios retablos. Su rica biblioteca era conocida como una de las más grandes de Aragón.
En los sitios de Zaragoza el convento fue arrasado casi por completo, pues sirvió de baluarte de los defensores de Zaragoza. Cerca de allí se vivieron actos bélicos famosos por su crueldad. El puente de Piedra necesitaba ser protegido y en el acto se perdieron varios edificios aledaños, como el convento. Éste fue convertido en cuartel en 1835, como parte de la desamortización de Mendizábal.
En 2009 se abrió el Museo del Claustro del Pozo de San Lázaro, en el que se muestran los restos arqueológicos del convento.