Aunque se desconoce si habría algún edificio anterior a la capilla, según los Paseos por Córdoba de Ramírez de Arellano, todavía existía una inscripción en 1766 en árabe que tradujo el embajador de Marruecos Sidi Hamet el Gacel: «En el nombre de Dios todopoderoso labraron esta mezquita para su adoración y de su profeta Mahoma, el visir Almanzor y su mujer Fátima, en el 366 Hégira (año 976). Alabado sea Dios.»[2]
Se trata de un templo datado entre 1399 y 1410, de estilo mudéjar, construido tras la revuelta antijudía de 1391 en la judería cordobesa y como consecuencia de la repoblación de esta zona y el barrio del Alcázar Viejo. Fundada como parroquia para la nueva collación del mismo nombre, mantuvo sus funciones hasta el siglo XVII. La iglesia, de planta basilical de nave única cubierta con bóveda de crucería, nunca llegó a terminarse, posiblemente por falta de presupuesto, hecho que puede comprobarse por la ausencia de techumbre, así como la construcción de una de las dos naves laterales. Asimismo, se utilizaron materiales de acarreo, como algunos capiteles y fustesromanos e islámicos. La antigua iglesia inconclusa queda contextualizada actualmente como antesala de la capilla mudéjar.[3]
El fundador de la capilla mudéjar pudo ser un judeoconverso denominado Diego Fernández Abencaçin o Abenconde, veinticuatro de Córdoba y emisario y alfaqueque del regente de la Corona de Castilla, el futuro Fernando I de Aragón. Sus viajes al Reino nazarí de Granada pudieron haberle influenciado para la construcción de la capilla. Diego, además, fue protegido del maestre de la Orden de Santiago, el infante Enrique de Trastámara, lo que pudo influir a la hora de advocar la capilla al apóstol Santiago, tal y como nos indica la concha de la entrada. En sus paredes también aparece en multitud de ocasiones el escudo de la Orden de la Banda, lo que indicaría que Diego habría recibido esta condecoración, probablemente por su función como alfaqueque en la liberación de cautivos cristianos.[4]
En 1475 fue sepultado en la capilla el hijo de Diego, Gómez Fernández, maestrescuela de la Mezquita-catedral, que once años tras su muerte fue declarado judaizante por la Inquisición española en el auto de fe del 24 de abril de 1486, exponiendo su sambenito en el patio de los Naranjos de la Mezquita-catedral, mientras que Ramírez de las Casas-Deza declara que sus restos fueron exhumados y quemados en 1499, coincidiendo con la etapa del inquisidor Lucero el Tenebroso.[4] Asimismo, se realizaron nuevos enterramientos en siglos posteriores, como demuestra la lápida de 1677 que se encuentra en la entrada.
S[epulcro] d[e] D. Diego Fran[cis]co de Orell[a]na; cape[llán] perp[etuo] de la S[an]ta Ig[lesi]a de Cór[dob]a y de sus Parientes. A[ño] d[e] 1677.
Con el paso de los siglos y la construcción del hospital del cardenal Salazar en 1724, la capilla quedó anexa al mismo y se recreció el pavimento para nivelarlo.[3]
En 1953 el arquitecto Rafael de La Hoz Arderius realizó una primera restauración en que se recuperaron las yeserías policromadas y se recuperó el pavimento original, para lo que se tuvo que trenzar el cepellón de la palmera centenaria con el típico chino cordobés. Además, se dota de nuevas imágenes al retablo de la capilla mayor, cuyos originales se habían perdido.[3]
Después, la capilla permaneció cerrada durante el último tercio del siglo XX debido al grave deterioro que sufría. Desde finales de 1970 hasta comienzos de 1980 se realizaron las tres puertas principales de la capilla; la puerta del arco mudéjar y dos menores, una de entrada a la capilla y otra del altar. Dicha obra de carpintería y ebanistería fue llevada a cabo por la familia de carpinteros y ebanistas Ruiz, en concreto por José Ruiz Navarro, José Ruiz Gómez y Gregorio Ruiz Herrera. En 2006 comenzó una nueva restauración, en la que se consolidaron muros y cubiertas, sustituyendo parcialmente la galería exterior. En la portada, se sustituyendo sillares que se hallaban muy deteriorados, para lo cual hubo que desmontarla. También se consolidó decoración interior: yeserías, azulejos y pinturas murales, reintegrando zonas en las que el color se había perdido en gran parte.[1]
Las obras, concluidas en marzo de 2008, fueron financiadas de manera conjunta por la Universidad de Córdoba, la Diputación Provincial, la Delegación de Cultura y CajaSur. La Junta de Andalucía concedió una subvención extraordinaria de 21.594 €,[7] mientras que CajaSur destinó 233.818 €. El coste total de la intervención fue de 500.000 €, abriendo sus puertas el 20 de marzo de 2010.[8]