Hijo de un funcionario del ferrocarril, terminó sus estudios escolares en Dahomey, en la que hoy es conocida como la República Popular de Benín, y a donde en 1861 llegaron los primeros misioneros cristianos. El principal centro cristiano fue en la ciudad de Ouidah, y desde allí se extendió por todo el territorio. Un fuerte impulso hacia el cristianismo llegó con la experiencia de muchos esclavos deportados del campo a las plantaciones de América Latina, la mayoría de los cuales, a su regreso a África, fueron testigos de la fuerza y la esperanza que habían recibido del Evangelio.
Sacerdocio
En 1936 entró en el seminario menor de Benín. El 14 de enero de 1951 fue ordenado sacerdote en Lomé, Togo, por el arzobispo Louis Parisot y fue elegido profesor de idiomas en el seminario. Al mismo tiempo se dedicó intensamente a la labor pastoral en un grupo de aldeas y de esta experiencia adquirió un gran amor por el apostolado pastoral.
El 11 de diciembre de 1956 fue elegido obispo titular de Tipasa de Mauritania y Auxiliar de Cotonú y fue consagrado el 3 de febrero de 1957.
Arzobispo de Cotonú
El 5 de enero de 1960 Juan XXIII lo promovió a arzobispo de Cotonú cuando su antiguo maestro, el enfermo Arzobispo Parisot, sintió que era el momento de entregar su rebaño al que podría asumir el enorme trabajo del apostolado. Su destreza como pastor fue demostrada en una serie de áreas: subdivide la diócesis para adaptarse con mayor eficacia a las situaciones individuales; promovió la fundación de escuelas; apoyó vigorosamente la actividad de los catequistas y de las hermanas indígenas; y, especialmente preocupado por el problema de las vocaciones sacerdotales, se sometió a muchos sacrificios para mantener en sus estudios a los seminaristas y sacerdotes de la diócesis.
Fue creado y proclamado cardenal por Pablo VI en el consistorio del 27 de junio de 1977, con el título de la Iglesia Suburbicaria de Palestrina (29 de septiembre de 1986).
Desde el 5 de junio de 1993 fue Decano del Colegio de Cardenales. El 30 de noviembre de 2002 el Santo Padre Juan Pablo II aceptó la petición del cardenal Gantin de dispensarle de su oficio de Decano del Colegio de Cardenales y del título de la sede suburbicaria de Ostia, lo que le permitió volver a su tierra natal, en Benín.
Fallecimiento
El cardenal Bernardin Gantin murió el 13 de mayo de 2008 a las 16.45 horas en París, donde había estado hospitalizado durante algún tiempo. El 24 de mayo fue enterrado en el altar de la capilla del seminario mayor San Gallen en Ouidah.