La compañía fue fundada en 1994 como Air Bosna. En el otoño de 2003 la aerolínea cesó sus operaciones debido a una creciente deuda que la empresa era incapaz de afrontar. En mayo de 2004 el Gobierno bosnio decidió colaborar en la creación de una nueva aerolínea bosnia. En junio de 2005 retomaron la actividad como B&H Airlines, operando dos ATR 72. [cita requerida] Está controlada en un 51 % por el Gobierno y en un 49 % por Energoinvest.[cita requerida]
Existen ciertos planes para que B&H Airlines se haga con aviones mayores que le permitan comenzar a operar a destinos a los que actualmente le es imposible llegar, como por ejemplo Escandinavia. Se planean vuelos a Copenhague, Oslo, Ámsterdam y otros lugares[cita requerida]. B&H Airlines ha heredado un encargo de 2 Airbus A319 realizado por Air Bosna. B&H Airlines pretende incrementar los vuelos desde el Aeropuerto de Bania Luka, pero esto solamente es posible si aumenta su flota y la demanda de dichos servicios es suficiente. Asimismo han sido presentados recientemente 2 vuelos al Aeropuerto Internacional Atatürk de Estambul, a los que seguirán servicios a Fráncfort del Meno y Colonia. [cita requerida]