A partir de 1577, acompañó a su padre en las campañas contra los hugonotes en Languedoc y Auvernia. En 1579 recibió el mando de una compagnie d'ordonnance además del gobierno del monte Saint-Michel. En 1580 participó en el asedio de La Fère.
Boda del Duque de Joyeuse con Margarita de Lorena.
En agosto recibió un ducado-par en presencia de todos los otros duques y pares del reino, a excepción de los príncipes de sangre. El ducado-par se constituyó con el vizcondado de Joyeuse y los señoríos de Baubiac, Rosières, La Blanchières, La Baume, Saint-Aubain, Saint-André, Saint-Sauveur, a los que el Rey añadió la tierra y el señorío de Limours. Joyeuse casó el 18 de septiembre de 1581 con Margarita de Lorena, hija de Nicolás de Lorena, duque de Mercoeur, y de Juana de Saboya. El rey Enrique regaló al matrimonio 300.000 escudos.
Anne de Joyeuse comandó una campaña contra los protestantes en Poitou, pero perdió el favor del Rey al acabar con 800 hugonotes en La-Motte-Saint-Héray, el 21 de junio de 1587, en la llamada matanza de Saint-Eloi. Recibido con frialdad en la Corte, quiso recuperar el favor regio combatiendo a las tropas de Enrique de Navarra. El 20 de octubre de 1587, atacó a las fuerzas protestantes en la batalla de Coutras (Gironda), pero tanto su infantería como su caballería fueron diezmadas. Anne de Joyeuse fue hecho prisionero, y al ser reconocido le mataron de un disparo de pistola.
Entre los 2.000 muertos del ejército se encontraba su hermano Claudio de Joyeuse, señor de Saint-Sauveur (1569-1587).
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