Air Uganda notificó haber trasladado más de 70.000 pasajeros en sus primeros doce meses, obteniendo además una media del 70% entre Entebbe y Juba. La tasa de ocupación entre Entebbe y Nairobi obtuvo una media del 60% durante su primer año de ocupación.[5]
A comienzos de 2009, Air Uganda firmó un acuerdo con Marsland Aviation para que esta última se encargase del transporte de los pasajeros con billetes de Air Uganda entre Yuba y Jartum y entre Jartum y Yuba. Air Uganda opera esta ruta dos veces a la semana. Marsland Aviation transporta a los pasajeros de Air Uganda cinco días a la semana, cuando Air Uganda no opera esta ruta.[8]
En junio de 2010, Air Uganda firmó un acuerdo de código compartido con Rwandair para la ruta Entebbe – Kigali. Air Uganda operará la ruta con un vuelo cada mañana mientras que Rwandair operará esta ruta con un vuelo diario al atardecer. Ambas aerolíneas operan la ruta con un CRJ-200.[9]
Destinos
Air Uganda opera a los siguientes destinos (en febrero de 2010):[10]
El 9 de enero de 2010, la embajada estadounidense en Jartum, Sudán advirtió de un posible ataque terrorista en los aviones de Air Uganda que efectuaban rutas a Yuba, Sudán del Sur, y Kampala, Uganda. Según la embajada, se habían recibido informaciones de "una clara intención por parte de terroristas regionales de conducir un ataque mortal a bordo de un avión de Air Uganda." De acuerdo con el ministro de exteriores de Sudán, sin embargo, la información no era muy relevante. El ejército de Uganda dijo tener constancia de dicha advertencia desde comienzos de diciembre de 2009, si bien un portavoz del gobierno de Uganda dijo que no existía información suficiente que sustentase las precauciones.[13]
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