La universitato fondiĝis dum la jaro 1922 sub la nomo "Universitato de Litovio" (litoveLietuvos universitetas), post kiam la historia litova ĉefurbo Vilno kun la tradicia universitato Vilno estis okupita de la pola armeo kaj Kaŭno iĝis la provizora ĉefurbo de Litovio. Tiutempe Litovio fakte ne plu disponis pri universitato.
Dum la jaro 1930 al la universitato estis atribuita la nomo de la litova grandduko "Vytautas la Granda". Post la okupado de Litovio fare de Sovetunio dum junio 1940 kaj (post mallonga okupado fare de Nazia Germanio) ree dum 1944 la historia ĉefurbo Vilno denove iĝis la akademia centro kaj la "burĝa" universitato VDU iom post iom disbatiĝis. Du ĉefaj humanismaj fakultatoj estis transferitaj al la universitato Vilno dum la jaro 1949, kaj dum la jaro 1950 el la restoj ekestis la "politeknika instituto" kaj la "medicina akademio" de Kaŭno.
La Vytautas-Magnus-universitato refondiĝis dum la jaro 1989. El la politeknika instituto kaj la medicina akademio de Kaŭno post la reakiro de la ŝtata sendependeco ekestis la sendependaj universitatoj Kaŭna Teknologia Universitato kaj Kaŭna Medicina Universitato (KMU).
Strukturo
La ĉefa konstruaĵo
esplora kaj studa centro
Fakultatoj
Fakultato de ekonomiko kaj manaĝerado
Fakultato de naturaj sciencoj
Fakultato de humanismaj sciencoj
Fakultato de informadiko
Fakultato de katolika teologio
Fakultato de sociaj sciencoj
Aldoniĝas pluraj institutoj kaj universitataj centroj.
