La Patriarkejo de la Sankta Seĝo de Kilikio estas la jurisdikcio de la Armena Apostola Eklezio plej aparta, ĉar ĝi estas la sola armena jurisdikcio kiu ne estas sub la regado de la Plejalta Patriarko kaj Katolikoso de ĉiuj armenoj kun sidejo en la Patrina Seĝo de Sankta Eĉmiadzin en Armenio, kvankam ja spirite. La dividiĝo de la du armenaj patriarkejoj ne implicas la ekzistadon de du apartaj armenaj eklezioj aŭ skismo inter ili.
La Plejalta Katolikoso de ĉiuj armenoj translokiĝis al Sizo en 1293, poste, dum la translokiĝo de la patriarka sidejo revene al la antikva en Eĉmiadzin en 1441, la katolikoso de Sizo, Krikor Musabegjantzen, ne oponiĝis, sed li ne forlasis la sidejon, pro tio en Sizo daŭre elektiĝis patriarkoj ĝis la nuntempo.
Dum kvin jarcentoj la du patriarkatoj harmonie kunvivis.
Nuntempe ĝia sidejo troviĝas en Antelias, Libano, kaj ĝia jurisdikcia teritorio etendiĝas sur Sirio, Kipro, Irano, Grekio, kaj kompreneble, en Libano. La Patriarkato de Siso karakteriziĝis pro streĉa historio kun Eĉmiadzin kaj ili ambaŭ havas apartajn jurisdikciojn en Usono, Grekio kaj Sirio. En 1997 la delegacioj de ambaŭ patriarkatoj renkontiĝis en Eĉmiadzin por intenci superi la malsamojn kaj plifortigi la unuecon de la Armena Apostola Eklezio; kun tia celo kreiĝis notkajero por komuna Konstitucio por la Armena Eklezio kun la celo normaligi sur tiuj bazoj, la rilatojn inter Eĉmiadzin kaj Kilikio. Ĉi lasta jurisdikcio havas ĉ. 800.000 kredantojn.
