La nacia flago de Malio estas trikoloro kun tri egalaj vertikalaj strioj. Ekde la hisflanko la koloroj estas verda, ora, kaj ruĝa, la tutafrikaj koloroj. Tiu flago estas identa al la flago de Gvineo kun la escepto ke la koloroj estas en inversa sinsekvo.
La nuna flago estis adoptita la 1-an de marto1961. La origina flago estis adoptita la 4-an de aprilo 1959, kiam Malio eniris la Federacion Malio. La flago estis la sama sed ĝi havis homfiguro kun brakoj etenditaj ĉielen. La figuro estis forigita pro islama kontraŭado al bildigo, la kredo kontraŭ farado de bildoj de la homa formo (En Malio estas proksimume 90% islamanoj). La flago estis adoptita en 1959 ĉar la konfederacio estis imito de la flago de Ganao, sed sekvanta la stilon de la franca Trikoloro. Ĝi estis ŝanĝita kun nigra emblemo konata kiel kanaga, stiligita homa formo. La koloroj estis intencitaj por reflekti unuecon kun aliaj afrikaj nacioj. Post kiam la du landoj disiĝis en 1960, la flago estis konservita por uzo en Malio ĝis marto 1961, kiam la kanaga emblemo estis faligita.