Ο φον Γιάκουιν γεννήθηκε στο Λέιντεν (εξελληνισμένα Λούγδουνο) της Ολλανδίας και σπούδασε ιατρική στο εκεί πανεπιστήμιο. Κατόπιν εγκαταστάθηκε για λίγο καιρό στο Παρίσι και μετά στη Βιέννη, όπου το 1752 μελέτησε υπό την καθοδήγηση του Γκέραρντ φαν Σβήτεν.[11]
Από το 1755 μέχρι το 1759 ο φον Γιάκουιν περιήλθε τις Δυτικές Ινδίες, την Κεντρική Αμερική, τη Βενεζουέλα και τη Νέα Γρανάδα (τη σημερινή Κολομβία) σταλμένος από τον ίδιο τον Αυτοκράτορα Φραγκίσκο Α΄ προκειμένου να συλλέξει φυτά για τα Ανάκτορα Σενμπρούν. Από τα ταξίδια αυτά συγκέντρωσε μια μεγάλη συλλογή δειγμάτων ζώων, φυτών, αλλά και ορυκτών. Το 1797 ο μεγάλος φυσιοδίφης Αλεξάντερ φον Χούμπολτ ωφελήθηκε από τη μελέτη αυτών των δειγμάτων και από συζητήσεις του με τον φον Γιάκουιν, προετοιμαζόμενος για το δικό του ταξίδι στην αμερικανική ήπειρο.[12]
Ο μικρός γιος (Έμιλ Γκότφρηντ, 1767-1792) και η κόρη (Φραντσίσκα, 1769-1850) τού φον Γιάκουιν ήταν φίλοι του Μότσαρτ, ο οποίος έγραψε δύο τραγούδια για λογαριασμό του Γκότφρηντ (το «Als Luise ...», K. 520, και το «Das Traumbild», K. 530) και παρέδωσε μαθήματα πιάνου στη Φραντσίσκα. Ο Μότσαρτ αφιέρωσε αρκετά έργα του στην οικογένεια του φον Γιάκουιν, με πιο αξιοσημείωτη από αυτές τις συνθέσεις το Τρίο του Κέγκελστατ. Αυτό το έργο παίχθηκε για πρώτη φορά στο σπίτι του βοτανολόγου τον Αύγουστο του 1786 με την κόρη του να παίζει στο πιάνο.
Ο φον Γιάκουιν πέθανε στη Βιέννη σε ηλικία 90 ετών. Ο μεγάλος γιος του, ο Γιόζεφ Φραντς (1766-1839), τον διαδέχθηκε ως καθηγητής της βοτανικής και της χημείας στο Πανεπιστήμιο της Βιέννης και συνέγραψε αρκετά αξιοσημείωτα βιβλία βοτανικής.
Το όνομα του Γιάκουιν δόθηκε σε δύο γένη φυτών: τη Jacquinia (οικογένεια ηρανθοειδή) και Jacquiniella (οικογένεια ορχεοειδή). Το 2011 το νομισματοκοπείο της Αυστρίας δημιούργησε αναμνηστικά αργυρά νομίσματα προκειμένου να τιμήσει τις επιστημονικές του αποστολές στην Καραϊβική.[14]
Η πρότυπη συντομογραφία Jacq. χρησιμοποιείται διεθνώς για να υποδηλώσει τον Νικόλαους Γιόζεφ φον Γιάκουιν σε επιστημονικές αναφορές βοτανικών ονομασιών.
Nikolaus Joseph Edlen von Jacquin's Anfangsgründe der medicinisch-practischen Chymie: zum Gebrauche seiner Vorlesungen, εκδ. Wappler, Βιέννη, 2η έκδ. 1785 ψηφιακή έκδοση από την Πανεπιστημιακή και Κρατική Βιβλιοθήκη του Ντύσελντορφ