Το 1960 χειροτονήθηκε διάκονος και το 1964 πρεσβύτερος. Υπηρέτησε ως ιεροκήρυκας στη Μητρόπολη Γόρτυνας και Μεγαλουπόλεως (1964-68), ως καθηγητής στο Ανώτερο Ιερατικό Φροντιστήριο Τήνου (1968-71) και πρώτος διευθυντής στην Επτατάξια Εκκλησιαστική Σχολή Τήνου (μέχρι το 1974) και στη συνέχεια διετέλεσε διευθυντής του γραφείου ιεροκηρύκων και νεότητας της Αρχιεπισκοπής Αθηνών (1974-85).
Το 1985 εξελέγη μητροπολίτης Κίτρους και Κατερίνης, όπου ανέπτυξε σημαντική πνευματική, κοινωνική και φιλανθρωπική δράση.[1] Συγκεκριμένα, στη μητροπολιτική του περιφέρεια, δημιουργήθηκαν τρία πνευματικά κέντρα, η Βαρνάβειος Εκκλησιαστική Βιβλιοθήκη, που ιδρύθηκε από τον ίδιο στη μνήμη του προκατόχου του Βαρνάβα (Τζωρτζάτου), εκκλησιαστικό φροντιστήριο, δύο γηροκομεία, το συσσίτιο «Άρτος ο επιούσιος», θρησκευτικές υπηρεσίες στους ασθενείς και στον στρατό, σταθμός α΄ βοηθειών και κοινωνικής συμπαράστασης και άλλες κοινωφελείς υπηρεσίες. Έπειτα από ενέργειές του, η Μητρόπολη μετονομάσθηκε σε «Κίτρους, Κατερίνης και Πλαταμώνος».
Στις 12 Νοεμβρίου2013, η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος κήρυξε τον θρόνο της Μητροπόλεως σε χηρεία μετά από πόρισμα ειδικής επιτροπής, καθώς ο Μητροπολίτης Αγαθόνικος ήταν σε κώμα και δεν μπορούσε να εκτελέσει τα καθήκοντά του.[2] Το Φεβρουάριο του 2014 εκλέχθηκε μητροπολίτης από την Ιερά Σύνοδο της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος ο Γεώργιος Χρυσοστόμου.[3] Έκτοτε παρέμεινε ασθενών.[4]
Απεβίωσε στην Κατερίνη στις 10 Ιουνίου 2024, σε ηλικία 87 ετών, καθηλωμένος και νοσηλευόμενος στον μητροπολιτικό οίκο, έπειτα από πολυετή ασθένεια.[5] Η σορός του ετέθη σε λαϊκό προσκύνημα στον Ιερό Ναό Αναλήψεως στην Κατερίνη, όπου εψάλη η εξόδιος ακολουθία στις 12 Ιουνίου και ενταφιάστηκε στο Β’ Κοιμητήριο Κατερίνης.
