Το 1993[2] εξελέγη μέλος της Ακαδημίας Αθηνών και το 2002[3] διετέλεσε Πρόεδρός της, όντας ο πρώτος κληρικός Πρόεδρος [4].
Διετέλεσε αντιπρόεδρος της επιτροπής Διαλόγου μεταξύ των Ορθόδοξης και της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, καθώς και Διευθυντής του Γραφείου Εκπροσωπήσεως του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Αθήνα, το οποίο εκπροσώπησε σε αρκετές διεθνείς συνελεύσεις[4]. Το 2016 ήταν μέλος της αντιπροσωπείας του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Πανορθόδοξη Σύνοδο της Κρήτης[5]. Υπήρξε ακόμη μέλος της Κεντρικής Επιτροπής και της Επιτροπής Πίστεως και Τάξεως του Παγκοσμίου Συμβουλίου Εκκλησιών[6][7].
Η συμβολή του επικεντρώνεται κυρίως στη θεολογία του προσώπου. Στα έργα του ασχολείται μεταξύ άλλων με την έννοια του προσώπου στη φιλοσοφία και στους Πατέρες της Εκκλησίας και υποστηρίζει ότι το πρόσωπο είναι η κεντρική έννοια της χριστιανικήςοντολογίας, ενώ αναλύει με τον ίδιο τρόπο και την έννοια του τριαδικού Θεού: μία ουσία, τρία πρόσωπα. Κατά την οντολογία που αναπτύσσει με βάση τους Καππαδόκες Πατέρες, η ύπαρξη προϋποθέτει τη σχέση μεταξύ προσώπων και δε νοείται χωρίς αυτήν.
Εξαίρεση δεν αποτελεί ούτε ο Θεός, ως πρόσωπο του Πατέρα στην Αγία Τριάδα, ο οποίος υπάρχει αφ’ εαυτού. Η μεγάλη συμβολή των Καππαδοκών Πατέρων κατά τον Περγάμου Ιωάννη ήταν ότι ταύτισαν τον όρο υπόσταση με τον όρο πρόσωπο, ο οποίος μέχρι τότε σήμαινε προσωπείο.[εκκρεμεί παραπομπή]
Ζηζιούλας, Ιωάννης (2008). Ελληνισμός και Χριστιανισμός, η συνάντηση των δύο κόσμων. Αποστολική Διακονία της Εκκλησίας της Ελλάδος. ISBN9789603155003. (ανάτυπο από τον Τόμο ΣΤ΄ της Ιστορίας του Ελληνικού Έθνους).
Zizioulas, Jean (1981). L'être ecclésial (στα Γαλλικά). Genève: Labor et Fides. ISBN9782830901801.
Zizioulas, John (2023). Remembering the future: toward an eschatological ontology. Alhambra, California: St. Sebastian Orthodox Press. ISBN9781936773954.
Το 2003 ο Πρόεδρος της Ελληνικής Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος του απένειμε το παράσημο του Ανώτερου Ταξιάρχη του Τάγματος του Φοίνικος, προς αναγνώριση του έργου του. Το 2007 του απονεμήθηκε ο Σταυρός του Lambeth[6][7].