Ύστερα από τον θάνατο του Πατριάρχη Διόδωρου ακολούθησε ένα κενό οκτώ μηνών με έντονο διπλωματικό παρασκήνιο, με την ισραηλινή κυβέρνηση να απορρίπτει πέντε από τους υποψήφιους, κάποιοι εκ των οποίων ήταν από τους επικρατέστερους[1]. Στις 13 Αυγούστου 2001 εξελέγη τελικά Πατριάρχης Ιεροσολύμων ο Ειρηναίος, με 7 ψήφους σε σύνολο 17[2]. Η εκλογή του αναγνωρίστηκε από την αρχή από όλα τα εμπλεκόμενα μέρη εκτός της κυβέρνησης του Ισραήλ[3].
Κατηγορίες για κακοδιαχείριση
Η Πατριαρχία του Ειρηναίου οδήγησε το Πατριαρχείο σε πολιτικο-οικονομικό σκάνδαλο με σημαντικές διπλωματικές προεκτάσεις. Ο Πατριάρχης Ειρηναίος φέρεται να είχε εκποιήσει μυστικά ακίνητη περιουσία του Πατριαρχείου και να έχει φυγαδεύσει σημαντικά χρηματικά ποσά στο εξωτερικό. Η εκποίηση ακίνητης περιουσία σε εταιρίες Ισραηλινών συμφερόντων επηρέαζε ένα ευαίσθητο status quo που επικρατούσε στην περιοχή, πράγμα το οποίο ξεσήκωσε θύελλα διαμαρτυριών από αραβικής πλευράς[4]. Από την άλλη, οι κατηγορίες περί κακοδιαχείρισης τον έφεραν σύντομα αντιμέτωπο με την πλειοψηφία της Ιεράς Αγιοταφιτικής Αδελφότητας. Για τις κατηγορίες όμως αυτές δεν υπήρξαν ικανά στοιχεία, και το 2005 η Παλαιστινιακή Αρχή με σχετική έρευνα από την αρμόδια επιτροπή της κυβερνήσεως, εξέδωσε αθωωτικό πόρισμα για τις εν λόγω μυστικές συμφωνίες και για τις κατηγορίες πωλήσεων των επίμαχων ακινήτων.
Καθώς όμως ο Ειρηναίος εξακολουθούσε να δηλώνει ότι είναι Πατριάρχης και να προσπαθεί να λειτουργεί σε διάφορους ναούς φρουρούμενος από την Ισραηλινή Αστυνομία, καθώς το κράτος του Ισραήλ εξακολουθούσε να τον θεωρεί Πατριάρχη, η Σύνοδος τον καθαίρεσε από κάθε βαθμό ιεροσύνης και τον επανέφερε στις τάξεις των απλών Μοναχών. Κατόπιν αυτού καλούταν «μοναχός Ειρηναίος». Το κράτος του Ισραήλ συνέχιζε να τον αναγνωρίζει ως νόμιμο Πατριάρχη μέχρι τον Δεκέμβριο του 2007[7]. Από τις 16 Φεβρουαρίου 2008 ο Ειρηναίος παρέμεινε έγκλειστος στην κατοικία του εντός του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων φρουρούμενος από ιδιώτες Άραβες και, με εντολή του νέου Πατριάρχη Θεόφιλου, δεν επιτρεπόταν ούτε η έξοδός του αλλά ούτε και η είσοδος επισκεπτών.
Στις 25 Ιουλίου 2019, η Ιερά Σύνοδος του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων ήρε ομοφώνως την καθαίρεση του από τις τάξεις των μοναχών και τον αποκατέστησε στο Αρχιερατικό του αξίωμα, με τον τίτλο του Πατριάρχη πρώην Ιεροσολύμων[8].
Τελευταία χρόνια
Μετά από πρόσκληση του Αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος Ιερωνύμου[9] και παρεμβάσεις της ελληνικής κυβέρνησης, ο πρώην Ιεροσολύμων Ειρηναίος ταξίδεψε στις 29 Αυγούστου 2019 στην Ελλάδα και νοσηλεύτηκε [10]. Στη συνέχεια εισήχθη στο Κέντρο Γεροντολογίας και Προνοιακής Υποστηρίξεως της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών «Άγιος Πορφύριος», στο Δήλεσι Βοιωτίας, κατόπιν προσκλήσεως του ίδιου του Αρχιεπισκόπου Αθηνών[11][12].
Απεβίωσε συνεπεία επιπλοκών χειρουργικής επέμβασης σε ιδιωτικό θεραπευτήριο της Αθήνας, στις 10 Ιανουαρίου 2023, σε ηλικία 83 ετών.[13] Η κηδεία και η ταφή του έγιναν στη Μονή Τιμίου Σταυρού της γενέτειράς του, της Σάμου, την επόμενη ημέρα.
