Η πρωταθλήτρια της Α΄ κατηγορίας της ΕΠΣ Μεσσηνίας κερδίζει την άνοδο στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία.
Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Μεσσηνίας, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Μεσσηνίας είναι η εξής:[2]
Α΄ Κατηγορία
Α1 Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία (2 Όμιλοι)
Γ΄ Κατηγορία
Α΄ Κατηγορία
Στην Α΄ Κατηγορία συμμετέχουν 16 σύλλογοι, οι δυο τελευταίες ομάδες υποβιβάζονται στην Α1 ΕΠΣΜ.[2] Εάν υποβιβαστεί από τη Γ΄ Εθνική ομάδα μέλος της ένωσης (Τσικλητήρας Πύλου) θα υποβιβαστεί στην Α1 και 3ος σύλλογος.
14 σύλλογοι συμμετείχαν στην Α1 ΕΠΣΜ 2016-17. Οι τρεις πρώτες της τελικής κατάταξης κέρδισαν την άνοδο στην κορυφαία κατηγορία και οι δυο τελευταίες υποβιβάζονται στη Β΄ ΕΠΣΜ.[2]