Το πρωτάθλημα της ΕΠΣ Μακεδονίας την περίοδο 1946-47 διεξήχθη σε τρεις κατηγορίες με τη συμμετοχή συνολικά 14 συλλόγων. Πρωταθλήτρια ανακηρύχθηκε η ομάδα του Μακεδονικού που μαζί με το δεύτερο Ηρακλή συμμετείχαν στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα
Α΄ Κατηγορία
Συμμετείχαν 6 σύλλογοι και το πρωτάθλημα κατέκτησε ο Μακεδονικός[1][2]