Η πρωταθλήτρια ομάδα της ΕΠΣ Κεφαλληνίας-Ιθάκης κερδίζει την άνοδο στη Γ΄ Εθνική ερασιτεχνική κατηγορία.
Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Κεφαλληνίας-Ιθάκης, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Για την περίοδο 2016–17, η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Κεφαλληνίας-Ιθάκης είναι η εξής:[2]
Α΄ Κατηγορία (9 ομάδες)
Β΄ Κατηγορία (6 ομάδες)
Σε σχέση με την προηγούμενη περίοδο δε δήλωσε συμμετοχή η «Α.Ε. Κεφαλληνίας» [3]. Έτσι η Α΄ διεξήχθη με 9 αντί για 10 ομάδες.
Οι δυο πρώτοι της Β΄ κατηγορίας κερδίζουν την άνοδο στην Α΄ της επόμενης περιόδου. Από την Α΄, αντίστοιχα,θα υποβιβαστεί η τελευταία ομάδα. Οι πρωταθλητές Α΄ και Β΄ κατηγοριών κρίνονται με αγώνες κατάταξης Play Off σε μορφή πρωταθλήματος διπλών αγώνων, με τη συμμετοχή των τεσσάρων πρώτων συλλόγων της κανονικής περιόδου. Οι ομάδες ξεκινούν τα Play Off με μπόνους βαθμών: 4β. , 2β. , 1β. , 0β για την 1η έως 4η αντίστοιχα.[4]