Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Αθηνών, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[1]
Οι Πρωταθλήτριες των δυο ομίλων συμμετέχουν στο Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών ΕΠΣ που διοργανώνει η Ε.Π.Ο. με σκοπό την άνοδο στη Γ΄ Εθνική. Οι δυο τελευταίες κάθε ομίλου υποβιβάζονται, αλλά ο ακριβής αριθμός των ομάδων που θα υποβιβαστούν εξαρτάται από πόσες ομάδες θα ανέβουν στη Γ΄ Εθνική και πόσες θα υποβιβαστούν από αυτή. Έτσι μετά το τέλος της κανονικής περιόδου γίνονται αγώνες κατάταξης μεταξύ των ομάδων που τερμάτισαν στην ίδια θέση στους δυο ομίλους για την δημιουργία ενιαίας κατάταξης και "σειράς προτεραιότητας" στους υποβιβασμούς.
Θέσεις 25-26 Γενικής Κατάταξης: Θύελλα Αγίου Δημητρίου - Ιάσων Νέων Λιοσίων 0-1 (Η νικήτρια ομάδα θα παραμείνει μόνο εφόσον ανέβουν στη Γ΄ και οι 2 πρωταθλητές ΕΠΣΑ)[2]
Θέσεις 23-24 Γενικής Κατάταξης: Θρίαμβος Χαϊδαρίου - Διάνα Ηλιούπολης 3-1 (Η ηττημένη ομάδα θα παραμείνει εφόσον τουλάχιστον 1 από τις πρωταθλήτριες ΕΠΣΑ ανεβεί στη Γ΄ Εθνική)[3]
Β΄ Κατηγορία
Σε τρεις ομίλους των 16 συλλόγων διεξάγεται το πρωτάθλημα της Β΄ Κατηγορίας. Οι πρωταθλητές κάθε ομίλου και οι νικητές των μπαράζ μεταξύ της 2ης και 3ης ομάδας ανεβαίνουν στην Α΄. Αν η βαθμολογική διαφορά μεταξύ 2ης και 3ης ομάδας είναι πάνω απο 2 βαθμούς ανεβαίνει η δευτεραθλήτρια χωρις αγώνα κατάταξης. Υποβιβάζονται οι τρεις τελευταίοι κάθε ομίλου κι επιπλέον θέσεις υποβιβασμού θα κριθούν με αγώνες κατάταξης των 13ων ομάδων κάθε ομίλου.
Πρωταθλητές ομίλων: άνοδος στην Α΄.
Π.Α.Ο. Κένταυρος Βριλησσίων
Α.Σ. Παπάγου
Α.Σ. Αθηναϊκός
Δευτεραθλητές ομίλων: άνοδος στην Α΄.
Α.Σ. Άρης Πετρούπολης
Α.Ο. Δάφνη Παλαιού Φαλήρου ή Π.Α.Ο. Άμιλλα Περιστερίου (μπαράζ)
54 σύλλογοι χωρισμένοι σε 4 ομίλους (2 των 14 και 2 των 13 ομάδων) απαρτίζουν τη Γ΄ Κατηγορία της ΕΠΣ Αθηνών για την περίοδο 2015-16. Οι πρωταθλητές κάθε ομίλου και οι νικητές των μπαράζ μεταξύ της 2ης και 3ης ομάδας ανεβαίνουν στην Α΄. Αν η βαθμολογική διαφορά μεταξύ 2ης και 3ης ομάδας είναι πάνω απο 2 βαθμούς ανεβαίνει η δευτεραθλήτρια χωρις αγώνα κατάταξης. Ο 3ος ήταν ο μοναδικός όμιλος που χρειάστηκε αγώνας κατάταξης για την ανάδειξη δευτεραθλήτριας ομάδας.
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Αθηνών που αγωνίζονται έως και τη Γ΄ Εθνική.
Αναβολή Τελικού
Η Α.Ε. Ηράκλειο κατέθεσε ένσταση κατά του αντιπάλου της στον ημιτελικό ,Ηλυσιακού με αποτέλεσμα ο τελικός να αναβληθεί και να μη συμμετέχει εκπρόσωπος της ΕΠΣΑ στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.[5] Ο τελικός , ορίστηκε για τις 11 Μαΐου 2016[6] και κυπελλούχος αναδείχθηκε η ομάδα της Α.Ε. Χαλανδρίου
Ημιτελικοί
Οι ημιτελικοί αγώνες εγιναν στις 6 και 20 Ιανουαρίου 2016 [7]