Τον Νοέμβριο του 2002 εκλέχτηκε επικεφαλής του Κινήματος Οικολόγων Περιβαλλοντιστών (Γενικός Γραμματέας).[1][4] Παρέμεινε στη θέση αυτή έως στις 28 Μαρτίου 2009.[4][6] Από τον Απρίλιο του 2009 έως το 2011 εκλέχτηκε εκπρόσωπος τύπου του κινήματος.[4] Στις 14 Απριλίου 2013 ανέλαβε προσωρινά Γενικός Γραμματέας του κινήματος, λόγω διορισμού της Ιωάννας Παναγιώτου στη θέση του Επιτρόπου Περιβάλλοντος.[4][7][8][9] Στο συνέδριο του κινήματος το 2014 εκλέχτηκε επικεφαλής του κινήματος, ο οποίος πλέον είχε τη θέση του προέδρου. Η μετονομασία του επικεφαλής του κινήματος από Γενικός Γραμματέας σε Πρόεδρο έγινε επειδή η διαδικασία εκλογής γινόταν πλέον μέσω ψηφοφορίας των μελών του κινήματος και όχι μέσω επιλογής από επιτροπή.[7] Παρέμεινε στη θέση αυτή έως το 2015.[4] Την χρονιά εκείνη το Κίνημα Οικολόγων Περιβαλλοντιστών μετονομάστηκε σε Κίνημα Οικολόγων-Συνεργασία Πολιτών.[1] Ο Γιώργος Περδίκης ανέλαβε πρόεδρος του Κινήματος Οικολόγων-Συνεργασία Πολιτών.[1] Αποχώρησε τον Ιούλιο του 2020.[2][3]
Ως βουλευτής, διετέλεσε αναπληρωτής πρόεδρος της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Θεσμών, Αξιών και Επιτρόπου Διοικήσεως και της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Περιβάλλοντος. Είναι εκπρόσωπος του Κινήματος Οικολόγων-Συνεργασία Πολιτών στη Βουλή, αναπληρωτής πρόεδρος της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Θεσμών, Αξιών και Επιτρόπου Διοικήσεως και μέλος της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Εργασίας, Πρόνοιας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων, της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Οικονομικών και Προϋπολογισμού, της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής Παρακολουθήσεως Σχεδίων Αναπτύξεως και Ελέγχου Δημόσιων Δαπανών και της Ad Hoc Κοινοβουλευτικής Επιτροπής για την Αναθεώρηση και τον Εκσυγχρονισμό του Κανονισμού της Βουλής.[1]