Η περιοχή της Νίκαιας ανέδειξε αρκετούς μεγάλους ποδοσφαιριστές. Η Α.Ε. Νίκαιας μάλιστα συμμετείχε στο πρώτο πρωτάθλημα της ενοποιημένης Α΄ Εθνικής Κατηγορίας το 1959-60, χωρίς όμως συνέχεια. Όλοι οι μεγάλοι παίκτες έφευγαν από τα σωματεία της Νίκαιας για τις μεγάλες ομάδες του ΠΟΚ, κυρίως τον Ολυμπιακό, με αποτέλεσμα οι ομάδες της Κοκκινιάς να μένουν μακριά από διακρίσεις.
Ο Ιωνικός ιδρύθηκε το 1965 από την ένωση δύο σωματείων της περιοχής, της Α.Ε. Νικαίας και του Άρη Πειραιά και αποτελεί μια από τις ομάδες της ευρύτερης περιοχής του Πειραιά από την οποία πέρασαν μεγάλα ονόματα του Ελληνικού ποδοσφαίρου.
Μεταξύ Α' και Β' Εθνικής
Το 1989 ο Ιωνικός κέρδισε την άνοδο στην Ά Εθνική για πρώτη φορά στην ιστορία του. Ο Δημήτρης Μελισσανίδης, που οδήγησε την ομάδα στην Α΄ Εθνική, αποχώρησε από την προεδρία και δεν βρισκόταν κανείς να διαθέσει 50 εκατομμύρια για τη μετατροπή του σωματείου σε ΠΑΕ. Τότε εμφανίστηκε ο Νίκος Κανελλάκης, ο οποίος σαν σύμβουλος αρχικά διέθεσε το μεγαλύτερο μέρος του ποσού και η ομάδα ξεπέρασε το σκόπελο.
Υποβιβασμοί
Το 1991 η Παναχαϊκή κατήγγειλε απόπειρα δωροδοκίας από τον Ιωνικό, ο οποίος τιμωρήθηκε με αφαίρεση 5 βαθμών. Την επόμενη χρονιά ο Ιωνικός επέστρέψε στην Α' κατηγορία.
Το 1993 η ομάδα υποβιβάστηκε και πάλι στην Β' Εθνική.
Έξοδος στην Ευρώπη
Το 1998 ανέλαβε την ομάδα ένας τότε άγνωστος στην Ελλάδα προπονητής, ο Σέρχιο Μαρκαριάν, ο οποίος οδήγησε την ομάδα της Νίκαιας στην ιστορική για το σύλλογο έξοδο στην Ευρώπη.
Τελικός Κυπέλλου 2000
Ο Ιωνικός έδωσε το "παρών" σε τελικό Κυπέλλου Ελλάδας για πρώτη φορά στην ιστορία του. Η δημοτική αρχή της Νίκαιας υποσχέθηκε τη μίσθωση 50 πούλμαν (τα οποία όμως δεν ήρθαν ποτέ) για τη μεταφορά του κύριου όγκου των φιλάθλων του Ιωνικού στο στάδιο και 5.000 οπαδοί πάλευαν να κερδίσουν τη μάχη της εξέδρας από 20.000 φίλους της ΑΕΚ, αλλά το αποτέλεσμα και στην εξέδρα και στο γήπεδο δεν τους δικαίωσε - όπως διαμορφώθηκε στο τελευταίο δεκάλεπτο του αγώνα, ήταν 0-3 σε βάρος του Ιωνικού.
Θάνατος Νίκου Κανελλάκη
Στις 21 Απριλίου 2004 ο Ιωνικός έζησε μια τραγική στιγμή της ιστορίας του. Ο επί 14 χρόνια πρόεδρός του, Νίκος Κανελλάκης, έφυγε από τη ζωή προδομένος από την καρδιά του σε ηλικία μόλις 53 ετών.
Η ανδρική ομάδα καλαθοσφαίρισης του Ιωνικού Νίκαιας ακολούθησε παράλληλη πορεία με την ποδοσφαιρική, ξεκινώντας επίσης την πορεία της το 1965.[2] Το πρώτο επίσημο παιχνίδι της έλαβε χώρα στις 9 Αυγούστου1966 στο γυμναστήριο του Σπόρτιγκ με αντίπαλο τον Α.Ο. Ζωγράφου για το πρωτάθλημα της Α' Κατηγορίας Αθηνών – Πειραιώς.[2]
Την αγωνιστική περίοδο 1967-68 η ομάδα τερμάτισε 10η σε σύνολο 12 ομάδων γνωρίζοντας τον υποβιβασμό στη νεοϊδρυθείσα τότε Β' Κατηγορία Αθηνών – Πειραιώς.[2] Στην Α' Κατηγορία επέστρεψε την επόμενη χρονιά, 1970-71, χάρις στην εξαιρετική της συγκομιδή από 19 νίκες και 3 ήττες.[2] Δύο χρόνια μετά, το 1972-73, ο Ιωνικός ανήλθε στη Β' Εθνική Κατηγορία.[2]
Παρά την απειρία του τερμάτισε στην κορυφή της βαθμολογίας τη χρονιά 1973-74, αποτυγχάνοντας, ωστόσο, να ανέλθει εξαιτίας ισοβαθμίας με τον Πανιώνιο.[2] Η άνοδος στην κορυφαία κατηγορία των ελληνικών πρωταθλημάτων έγινε, εντούτοις, πραγματικότητα την περίοδο 1974-75, οπότε και, έχοντας ολοκληρώσει αήττητος τους αγώνες του ομίλου του, διεκδίκησε επιτυχώς την άνοδο στα μπαράζ ανόδου με αντιπάλους τον Απόλλωνα Πατρών (εποχή που διέπρεπε στην ομάδα ο Κώστας Πετρόπουλος), τον Εθνικό και το Ηράκλειο.[2][3]
Ο Ιωνικός από την περίοδο 1975-76 έως εκείνη του 1985-86 συμμετείχε ανελλιπώς στην Α' Εθνική Κατηγορία, ενώ πρόλαβε και το πρώτο πρωτάθλημα της Α1 το 1986-87 οπότε και υποβιβάστηκε.[2]
Στο διάστημα αυτό μετρά δύο συμμετοχές στο Κύπελλο Κόρατς (1979-80 με την ελβετική Νιόν και 1984-85 με την ισραηλινήΧάποελ Τελ Αβίβ) με συνολικό απολογισμό μία νίκη και τρεις ήττες.[2] Θα είχε συμμετάσχει και νωρίτερα όταν την περίοδο 1977-78 κατέλαβε την 5η θέση της τελικής βαθμολογίας, ωστόσο τιμωρήθηκε από την Ε.Ο.Κ. με αφαίρεση βαθμών λόγω επεισοδίων με αποτέλεσμα να πάρει τη θέση του ο Γ.Σ. Αμαρουσίου.[2] Την περίοδο 1979-80 ο Παναγιώτης Γιαννάκης ανεδείχθη πρώτος σκόρερ στο ελληνικό πρωτάθλημα σημειώνοντας 766 πόντους. Αξιοσημείωτα την περίοδο 1983-84 διεξήχθη κι ένας ιστορικός αγώνας του ελληνικού μπάσκετ: ο Ιωνικός αντιμετώπισε στη Νίκαια τον Άρη Θεσσαλονίκης με τελικό σκορ (μετά από παράταση) 113-114.[2] Στον αγώνα αυτό ο Γιαννάκης σημείωσε 73 πόντους (ρεκόρ) έναντι 62 του Νίκου Γκάλη.[2]
Πορεία στην Α2 Εθνική
Η μεταγραφή του Γιαννάκη το καλοκαίρι του 1984 στον Άρη απασχόλησε εκτενώς τον Τύπο εξαιτίας της φιλολογίας που τη συνόδευσε, ωστόσο το ουσιαστικότερο ήταν πως αποδυνάμωσε τη νικαιώτικη ομάδα.[2] Εν τέλει το 1986-87 επήλθε και ο υποβιβασμός της στην Α2 Εθνική εφόσον τερμάτισε στην τελευταία θέση της βαθμολογίας και έχασε με 0-2 στα play-out με τον Ηλυσιακό.[2] Μετά την αποχώρηση του Παναγιώτη Γιαννάκη αθλητές που διακρίθηκαν με τα χρώματα της ομάδας ήταν ο Κώστας Αλεξανδρίδης και οι νεαροί Νίκος Οικονόμου, Θοδωρής Χατζησμάλης, Οδυσσέας Αντωνίου, Γιώργος Λαζάρου κ.ά.[2] Την περίοδο 1986-87 η ομάδα Παίδων του Ιωνικού κατέκτησε το Πανελληνίο Πρωτάθλημα.[2][5]
Μετά από μακρά πορεία στην Α2 Εθνική, κατά την αγωνιστική περίοδο 1996-97, ο σύλλογος γνώρισε τον υποβιβασμό στη Β' Εθνική, για να επιστρέψει και πάλι μετά το πέρας της περιόδου 1998-99 κατά την οποία τερμάτισε στη 2η θέση με προπονητή τον Άρη Ραυτόπουλο.[2] Την επόμενη χρονιά, 1999-00, κατέλαβε την 8η θέση του τελικού βαθμολογικού πίνακα της Α2 Εθνικής, παραμένοντας στην κατηγορία.[6] Κατά την περίοδο 2000-01 και με προπονητή τον Θεόδωρο Μπολάτογλου οι επιδόσεις της ομάδας ήταν πολύ καλές, συγκεντρώνοντας συνολικά 18 νίκες και 8 ήττες.[2][6] Συγκεντρώνοντας ένα βαθμό λιγότερο από τους δύο πρωτοπόρους, εν τέλει τερμάτισε στην 3η θέση και απέτυχε να επιστρέψει στην κορυφαία κατηγορία των ελληνικών πρωταθλημάτων.[6]
Τα πέτρινα χρόνια
Τα επόμενα χρόνια, τα οποία χαρακτηρίζονται «πέτρινα» για το σύλλογο, συνοδεύτηκαν από μεγάλες δυσκολίες.[2] Ο Ιωνικός συνδέθηκε οικονομικά με τη Δημοτική Αρχή, ωστόσο φάνηκε πως η άνοδος δεν ήταν εφικτή, η εισροή χρημάτων σταμάτησε απότομα, αφήνοντας μεγάλα χρέη.[2] Κατά την περίοδο 2001-02 οι νικαιώτες ολοκλήρωσαν τις αγωνιστικές τους υποχρεώσεις στην 11η θέση της βαθμολογίας, για να σκαρφαλώσουν στην 6η θέση την περίοδο 2002-03.[6] Τελικά τη χρονιά 2003-04, με χαμηλό προϋπολογισμό, ο σύλλογος βρέθηκε στη 13η θέση της τελικής βαθμολογίας με 6 νίκες και 20 ήττες και κατά συνέπεια υποβιβάστηκε στη Β' Εθνική.[6]
Τα οικονομικά προβλήματα ήταν πάντοτε παρόντα και οδήγησαν μέχρι και στην κατάσχεση των ιδιόκτητων γραφείων του Α.Ο. Ιωνικού.[2] Την αγωνιστική περίοδο 2004-05 ο σύλλογος τερμάτισε στην 7η θέση, ενώ την επόμενη χρονιά, 2005-06 έπεσε στη 12η (σε σύνολο 16 ομάδων).[6] Παρ’ όλο που υπολειτουργούσε, διατηρήθηκε στην κατηγορία μία χρονιά ακόμη, με το 2006-07 να φέρνει μια 14η θέση και τον υποβιβασμό.[6]
Διαγωνιζόμενος στη Γ' Εθνική πλέον και συγκεκριμένα στο 2ο Όμιλο Νότου, ο Ιωνικός ολοκλήρωσε τη χρονιά 2007-08 στην 7η θέση του βαθμολογικού πίνακα, για να πέσει στην 9η θέση το 2008-09, διασφαλίζοντας την παραμονή μέσω της διαδικασίας των μπαράζ ενάντια στην ομάδα της Νικόπολης Πρέβεζας.[6] Τελικά, την περίοδο 2009-10, ο Ιωνικός ολοκλήρωσε τις αγωνιστικές του υποχρεώσεις στην 10η θέση της βαθμολογίας, πέφτοντας στο τοπικό πρωτάθλημα της Ε.Σ.ΚΑ.Ν.Α. για πρώτη φορά στην ιστορία του μετά τη ριζική αναδιάρθρωση των κατηγοριών.[6] Αξιοσημείωτα την ίδια τύχη είχε την ίδια χρονιά κι ένας άλλος ιστορικός σύλλογος, ο Α.Σ. Παπάγου.[7]
Κάνοντας μια καινούρια αρχή στην Α' Κατηγορία Ανδρών της Ε.Σ.ΚΑ.Ν.Α., ο Ιωνικός κατέλαβε την περίοδο 2010-11 την 4η θέση στην τελική βαθμολογία με προπονητή το Μάη Κωνσταντινίδη. Την επόμενη χρονιά, 2011-12, με τον Δημήτρη Μισιακό στον πάγκο, πέτυχε την κατάκτηση του Πρωταθλήματος και την επιστροφή στη Γ' Εθνική παρά την ισοβαθμία του με τον Εθνικό.[7][8][9].
Την χρονική περίοδο 2013-14 έχασε στις λεπτομέρειες την επάνοδο στην Α2 κατηγορία .
Αγωνιστική περίοδος 2012-13
Κατά την αγωνιστική περίοδο, 2012-13, ο Α.Ο. Ιωνικός Νίκαιας έλαβε μέρος στο Πρωτάθλημα του 2ου Ομίλου Νότου της Γ' Εθνικής Κατηγορίας, ολοκληρώνοντας τις αγωνιστικές του υποχρεώσεις στην 2η θέση του βαθμολογικού πίνακα.[6] Έλαβε μέρος στον αγώνα κατάταξης με αντίπαλο τον Εθνικό Πειραιώς και το νικηφόρο αποτέλεσμα στον αγώνα αυτό έδωσε στην ομάδα της Νίκαιας την άνοδο στη Β΄ Εθνική κατηγορία.[10]
Αγωνιστική περίοδος 2013-14
Κατά την αγωνιστική περίοδο, 2013-14, ο Α.Ο. Ιωνικός Νίκαιας έλαβε μέρος στο Πρωτάθλημα του Ομίλου Νότου της Β' Εθνικής Κατηγορίας, ολοκληρώνοντας τις αγωνιστικές του υποχρεώσεις στην 3η θέση του βαθμολογικού πίνακα.[11]
Το τμήμα γυναικείας καλαθοσφαίρισης του Ιωνικού Νικαίας κατά την αγωνιστική περίοδο 1997-98 κατέκτησε το Πρωτάθλημα της Α' Κατηγορίας Γυναικών που διοργάνωσε η Ε.Σ.Κ. Νότιας Αττικής. Σαν αποτέλεσμα έλαβε το δικαίωμα ανόδου στη Β' Εθνική Κατηγορία, το τρίτο ιεραρχικά πανελλαδικό Πρωτάθλημα της εποχής. Εκεί παρέμεινε για τέσσερις συνεχόμενες περιόδους μέχρι την άνοιξη του 2002.
Μετά τον υποβιβασμό του και μετά την κατάργηση της Β' Εθνικής το τμήμα γυναικών δεν επέστρεψε ποτέ σε επίπεδο εθνικής κατηγορίας και σταδιακά αδρανοποιήθηκε. Παρ' όλα αυτά τα τμήματα νεαρών σε ηλικία αθλητριών εξακολουθούν να υφίστανται και να λαμβάνουν μέρος στα αντίστοιχα Πρωταθλήματα της Νότιας Αττικής. Το τμήμα των Νεανίδων κατέκτησε την αγωνιστική περίοδο 1996-97 το Πανελλήνιο Πρωτάθλημα.[12]
Τμήμα πετοσφαίρισης
Το τμήμα ανδρικής πετοσφαίρισης ανδρών του Ιωνικού Νικαίας κατέκτησε το Πρωτάθλημα της Α2 Εθνικής Κατηγορίας την αγωνιστική περίοδο 1997-98, κερδίζοντας παράλληλα το δικαίωμα ανόδου στην Α1 Εθνική (σημερινή Volleyleague).
Κατά την αγωνιστική περίοδο 1998-99 κατέλαβε την 9η θέση του τελικού βαθμολογικού πίνακα. Την επόμενη χρονιά, 1999-00 τερμάτισε στη 10η θέση, παραμένοντας στην κατηγορία, ενώ την περίοδο 2000-01 ολοκλήρωσε τις αγωνιστικές του υποχρεώσεις στην 9η θέση. Το επόμενο καλοκαίρι, ο Ιωνικός Νίκαιας και ο Άρης Νίκαιας συγχωνεύτηκαν σχηματίζοντας το τμήμα πετοσφαίρισης της Α.Ε. Νίκαιας, η οποία μετείχε την επόμενη σαιζόν στην Α1 Εθνική και μάλιστα κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδος την περίοδο 2002-03. Στον ίδιο θεσμό, ο Ιωνικός είχε ήδη μετέχει στα προημιτελικά την περίοδο 2000-01 και στα ημιτελικά την περίοδο 1999-00, γνωρίζοντας και τις δύο φορές τον αποκλεισμό από τον Ολυμπιακό Πειραιώς.
Το τμήμα πετοσφαίρισης παρέμενε ανενεργό ως και την περίοδο 2017-18 όπου επανασυστάθηκε κυρίως για να αξιοποιηθούν σε βάθος χρόνου οι ακαδημίες ενώ η γυναικεία ομάδα αυτή την στιγμή (2020-21) αγωνίζεται στην Α΄ ΕΣΠΕΔΑ.
Τμήμα υδατοσφαίρισης ανδρών
Ο σύλλογος διατηρεί και τμήμα υδατοσφαίρισης το οποίο είναι το τρίτο πιο ενεργό τμήμα μετά από ποδόσφαιρο και μπάσκετ. Το τμήμα ανδρών επί 4 διαδοχικές χρονιές αγωνίστηκε στην Α2 Εθνική ως και την περίοδο 2017-18 όπου λόγω οικονομικών προβλημάτων δήλωσε αδυναμία συμμετοχής και υποβιβάστηκε οικειοθελώς στην Β΄ Εθνική και αγωνίστηκε ως την σεζόν 2019-20 όπου και επανήλθε στην Α2.
Τμήμα υδατοσφαίρισης γυναικών
Το τμήμα υδατοσφαίρισης γυναικών αποτελεί ένα από τα πιο επιτυχημένα τμήματα του συλλόγου. Έχει αγωνιστεί συνολικά 9 φορές στην Α1 Εθνική πραγματοποιώντας αξιόλογες πορείες. Τα τελευταία χρόνια αγωνίζεται σταθερά στην Α2 Εθνική όπου λόγω των οικονομικών δυσκολιών βασίζεται σε νεανίδες που προέρχονται από τις ακαδημίες του συλλόγου.
Την σεζόν 2019-20 ο ερασιτέχνης Ιωνικός προχώρησε και στην ίδρυση τμήματος αντισφαίρισης όπου μέσα σε λίγο χρονικό διάστημα το δυναμικό του τμήματος αποτελείται από δεκάδες νέους αθλητές και αθλήτριες αλλά και αξιόλογους προπονητές.
Τμήμα esports
Το τμήμα esports ιδρύθηκε το Φεβρουάριο του 2020. Μέχρι και σήμερα το τμήμα των esports έχει εκπροσωπήσει τον σύλλογο σε πανελλήνια, ευρωπαϊκά αλλά και παγκόσμια πρωταθλήματα ανάμεσα σε τεράστια Brand με μεγάλη επιτυχία και κατακτήσεις. Ενεργά τμήματα του είναι το League of Legends, FIFA, PES,F1.
Τμήμα άρσης βαρών
Το τμήμα άρσης βαρών του συλλόγου ιδρύθηκε το 1999. Έχουν αγωνιστεί πολλοί αξιόλογοι αθλητές, είτε σε επίπεδο παίδων και εφήβων είτε σε επίπεδο ανδρών. Πιο πρόσφατη επιτυχία ήταν η κατάκτηση της δεύτερης θέσης στο Πανελλήνιο Πρωτάθλημα Παίδων το 2016 από αθλητή του συλλόγου.[13]
Τμήμα πυγμαχίας
Το τμήμα πυγμαχίας του συλλόγου επανενεργοποιήθηκε το καλοκαίρι του 2019. Τον Αύγουστο επισημοποιήθηκε η έναρξη της δραστηριότητάς του και μέσα σε διάστημα ενός μήνα κατάφερε λόγω ονόματος να προσελκύσει δεκάδες αθλητές και αποτελεί ήδη έναν από τους πλέον ανερχόμενους συλλόγους στο άθλημα.[14]