Το Υπουργείο Ναυτικών (1846-1949) ήταν ένα από τα πρώτα υπουργεία του ελληνικού κράτους που είχε ευθύνη για τα ναυτικά θέματα, τόσο στρατιωτικά όσο και εμπορικά.
Μετά το 1945 το Υπουργείο Ναυτικών κράτησε μόνο το πολεμικό του τμήμα, ενώ το εμπορικό του σκέλος εξελίχθηκε στο Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας (από την Κυβέρνηση Γεωργίου Παπανδρέου Μαΐου 1944). Στη συνέχεια το Υπουργείο Ναυτικών υπαγόταν μαζί με τα Υπουργεία Στρατιωτικών και Αεροπορίας αρχικά στον Πρωθυπουργό και σταδιακά σε έναν υπουργό υπεύθυνο για τα Υπουργεία Στρατιωτικών, Ναυτικών και Αεροπορίας, μέχρι το 1950, οπότε ιδρύθηκε από την Κυβέρνηση Νικολάου Πλαστήρα 1950 το Υπουργείο Εθνικής Αμύνης, στο οποίο υπάγονταν οι υπηρεσίες του Υπουργείου Ναυτικών ως υφυπουργείο, μέχρι το 1953 στην Κυβέρνηση Αλέξανδρου Παπάγου 1952, οπότε διορίστηκε ο τελευταίος υφυπουργός Ναυτικών.
Στέγαση
Το 1884 το Υπουργείο Ναυτικών στεγάστηκε σε κτήριο στο κέντρο της Αθήνας, σε μια πλευρά της Πλατείας Κλαυθμώνος, στη διασταύρωση των οδών Παπαρρηγοπούλου και Παλαιών Πατρών Γερμανού, ενώ ταυτόχρονα το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (ΝΑΤ) έχτισε νέο κτήριο ακριβώς δίπλα. Μετά από τρία χρόνια το Ελληνικό Δημόσιο επεκτάθηκε αγοράζοντας το κτήριο του ΝΑΤ και στέγασε υπηρεσίες του Υπουργείου Ναυτικών στον δεύτερο όροφο, ενώ το ΝΑΤ συνέχισε να στεγάζεται στο ισόγειο και τον πρώτο όροφο. Το 1920 έγινε επέκταση του νέου κτηρίου με έναν ακόμη όροφο. Αυτό το ενοποιημένο κτήριο ήταν η έδρα του Υπουργείου Ναυτικών μέχρι το 1941, οπότε η διοίκηση του υπουργείου μετακινήθηκε μαζί με την κυβέρνηση αρχικά στην Κρήτη και στη συνέχεια στην Αίγυπτο κατά τη διάρκεια του πολέμου. Το 1945 η διοίκηση του Υπουργείου Ναυτικών επανήλθε στο κτήριο της Παπαρρηγοπούλου και Παλαιών Πατρών Γερμανού, μέχρι το 1950, οπότε το υπουργείο συγχωνεύθηκε στο Υπουργείο Εθνικής Άμυνας. Στο κτήριο συνέχισε να στεγάζεται το Γενικό Επιτελείο Ναυτικού μέχρι το 1973.[1],[2], [3].