Γεννήθηκε στην Κόρινθο και εισήλθε στην Σχολή Ναυτικών Δοκίμων, απ'όπου και αποφοίτησε. Υπήρετησε κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους και κατά την περίοδο του Εθνικού Διχασμού τάχθηκε με το πλευρό του Βασιλιά. Το 1917 καταδικάστηκε λόγω των πολιτικών του φρονημάτων και φυλακίστηκε μέχρι το 1920. Μετά την πτώση του Βενιζέλου, συμμετείχε στην Μικρασιατική Εκστρατεία και προβιβάστηκε σε πλοίαρχο. Το 1922 αποστρατεύθηκε και το 1935 αποκαταστάθηκε. Τον ίδιο χρόνο αποχώρησε οριστικά από το Πολεμικό Ναυτικό λαμβάνοντας παράλληλα τον τίτλο του αντιναυάρχου. Στις 31 Μαρτίου του 1947 παρέλαβε τα Δωδεκάνησα ως αντιπρόσωπος της Ελλάδας από τους συμμάχους και διορίστηκε στρατιωτικός διοικητής των Δωδεκανήσων[3]. Το 1958 ανακηρύχθηκε από τον Ναυτικό Όμιλο Ελλάδος επίτιμο μέλος του ενώ υπήρξε ευεργέτης της Ιστορικής και Εθνολογικής Εταιρείας της Ελλάδος.
Ο τάφος του Περικλή Ιωαννίδη και της συζύγου του, πριγκίπισσας Μαρίας, στο Τατόι
Το 1920 ο Ιωαννίδης, καθώς επέστρεφε με πολεμικό πλοίο στην Ελλάδα, του οποίου ήταν κυβερνήτης ο ίδιος, γνώρισε την πριγκίπισσα Μαρία της Ελλάδας και Δανίας, χήρα του Μεγάλου Δούκα της Ρωσίας, ο οποίος είχε πεθάνει το 1919[3]. Τον Δεκέμβριο του 1922, ενώ βρισκόντουσαν σε εξορία, παντρεύτηκαν στη Γερμανία[3]. Την περίοδο 1922 - 1940 διέμενε στην Αγγλία και την Ιταλία.
