Ο κομισάριος της MLS, Ντον Γκάρμπερ, ανακοίνωσε την επιθυμία της λίγκας να εντάξει στο δυναμικό της μία δεύτερη ομάδα από την ευρύτερη περιοχή της Νέας Υόρκης το 2010, με τη νέα αυτή ομάδα, αρχικά, να ξεκινά τις υποχρεώσεις της στο πρωτάθλημα από τη σεζόν του 2013.[6] Αρχικά, η λίγκα είχε ξεκινήσει διαπραγματεύσεις με τον ιδιοκτήτη των Νιου Γιορκ Μετς, Φρεντ Ουίλπον, σχετικά με την προσπάθεια ένταξης δεύτερης ομάδας από την Νέα Υόρκη στο πρωτάθλημα, μαζί με τους ιδιοκτήτες της επανιδρυθείσας Νιου Γιορκ Κόσμος.[7] Το ενδιαφέρον του Ουίλπον για την MLS, ωστόσο, σταδιακά εξασθένησε μετά και την οικονομική καταστροφή της οικογένειάς του μετά το Σκάνδαλο Μέιντοφ,[8] ενώ η Κόσμος ξεκίνησε τις αγωνιστικές της υποχρεώσεις στη δεύτερης τάξεως Νορθ Αμέρικαν Σόκερ Λιγκ το 2013.[9]
Ο Γκάρμπερ είχε προηγουμένως προσπαθήσει να προκαλέσει το ενδιαφέρον μεγάλων ευρωπαϊκώνσυλλόγων για την απόκτηση μελλοντικής ομάδας της MLS, ενώ τον Δεκέμβριο του 2008, είχε ανακοινώσει πρόταση για τη δημιουργία νέας ομάδας με έδρα το Μαϊάμι, προσπάθεια της οποίας ηγείτο η Μπαρτσελόνα, η οποία και θα ξεκινούσε τις αγωνιστικές της υποχρεώσεις στο πρωτάθλημα το 2010,[10] αν και τελικά η συγκεκριμένη επένδυση δεν προχώρησε[11] (ο Γκάρμπερ είχε επίσης συζητήσει το ενδεχόμενο με την Μπαρτσελόνα η τελευταία να πραγματοποιήσει την επένδυσή της στη Νέα Υόρκη, προτού το ενδιαφέρον μετατοπιστεί προς το Μαϊάμι[12]).
Ωστόσο όταν ο Φεράν Σοριάνο, αντιπρόεδρος της Μπαρτσελόνα κατά την περίοδο της πρότασης επένδυσης στο Μαϊάμι, ανέλαβε χρέη CEO στη Μάντσεστερ Σίτι τον Αύγουστο του 2012, ο Γκάρμπερ επικοινώνησε εκ νέου μαζί του σχετικά με τη πιθανότητα επένδυσης σε μία ομάδα με έδρα τη Νέα Υόρκη.[12] Τον Δεκέμβριο του 2012, ανώνυμες πηγές ανέφεραν στα ΜΜΕ ότι η Μάντσεστερ Σίτι ήταν κοντά στο να ανακοινωθεί επισήμως ως η ιδιοκτήτρια της εικοστής ομάδας της MLS, με την κατοχύρωση των πνευματικών δικαιωμάτων για την ονομασία «New York City Football Club», αν και ο αγγλικός σύλλογος προέβη λίγο αργότερα σε άμεση διάψευση της εν λόγω είδησης.[13] Ωστόσο, ο Γκάρμπερ ανακοίνωσε τον Μάρτιο του 2013 ότι βρισκόταν κοντά στο να ανακοινώσει επισήμως την εικοστή ομάδα του πρωταθλήματος,[14]
Η New York City Football Club, LLC εγγράφηκε στο New York State Department στις 7 Μαΐου 2013,[15] ενώ στις 21 Μαΐου η ομάδα ανακοινώθηκε επισήμως ως η εικοστή της Μέιτζορ Λιγκ Σόκερ.[16]
Ο σύλλογος ανακοίνωσε μια συμφωνία ραδιοφωνικής μετάδοσης των αναμετρήσεών του στην αγγλική γλώσσα με το WFAN στις 3 Οκτωβρίου του 2013.[17]
Στις 2 Ιουνίου 2014, ο σύλλογος ανακοίνωσε την απόκτηση του Νταβίδ Βίγια ως του πρώτου παίκτη του έμψυχου δυναμικού του.[18]
Ο σύλλογος έχει συμμετάσχει στο ΚΟΝΚΑΚΑΦ Τσάμπιονς Λιγκ δύο χρονιές, το 2020 και το 2022, φτάνοντας μέχρι τα προημιτελικά και τα ημιτελικά αντίστοιχα.
Χρώματα και έμβλημα
Με την ίδρυση του συλλόγου να έχει ανακοινωθεί δύο περίπου χρόνια προτού ξεκινήσει την αγωνιστική της δράση, το διοικητικό συμβούλιο της ομάδας της Νέας Υόρκης ανακοίνωσε την πρόθεση του να προχωρήσει στην προσεκτική εσωτερική δόμηση της διοικητικής ιεραρχίας του συλλόγου, ενώ κατά την τελετή επίσημης ίδρυσης του συλλόγου δεν έγιναν τα αποκαλυπτήρια κανενός εμβλήματος ή λογότυπου, με την χρήση, αντίθετα, μονάχα μιας μονόχρωμης κυκλικής εικόνας γαλάζιας απόχρωσης με την ονομασία New York City FC γραμμένη στο εσωτερικό του. Καθώς οι ενδιαφερόμενες πλευρές περίμεναν από τον σύλλογο να πραγματοποιήσει τα επίσημα αποκαλυπτήρια των χρωμάτων και του εμβλήματός του, ένας αριθμός γραφικών σχεδιαστών εξέδωσαν τις δικές του εκδόσεις πιθανών λογοτύπων και εμφανίσεων της ομάδας,[19] κάτι που και ο ίδιος ο σύλλογος ενθάρρυνε μέσω της δημοσιοποίησης των καλύτερων έργων στις διάφορες σελίδες που διαθέτει στα κοινωνικά δίκτυα.