Ίδρυσε το κράτος με τη συνταγματική ονομασία «Δημοκρατίας της Μακεδονίας» το οποίο είναι μέλος του Ο.Η.Ε. ως «πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας» (fYROM)[10]
Εξελέγη πρώτη φορά πρόεδρος της χώρας τον Ιανουάριο του 1991 από τη Βουλή και επανεξελέγη το 1994 σε εκλογές που είχαν διεξαχθεί το ίδιο έτος.[11] Παρέμεινε στο αξίωμα του Προέδρου μέχρι το 1999, έχοντας ολοκληρώσει δύο θητείες. Αποχώρησε από το προεδρικό αξίωμα της πΓΔΜ σε ηλικία 82 ετών.
Ο Κίρο Γκλιγκόροφ πίστευε στα σλαβικά χαρακτηριστικά του λαού του και κατηγορήθηκε ως προδότης από τους συμπατριώτες του που οικοδομούν τον «πούρο μακεδονισμό», τη νέα ιστορική θεωρία για το έθνος της χώρας του. Οι δηλώσεις του ότι η ταυτότητα του λαού του είναι σλαβική και δεν συνδέεται με τον Μέγα Αλέξανδρο και τους αρχαίους Μακεδόνες, καθώς και η άποψή του πως η προσπάθεια για αφαίρεση της σλαβικής ταυτότητας από τον λαό είναι πολιτική προπαγάνδας, έφερε την κυβέρνηση της χώρας του να υποβαθμίσει τον ρόλο του στην επέτειο των είκοσι χρόνων από την ίδρυση του κράτους από τον ίδιο. Στις 3 Οκτωβρίου του 1995 είχαν ανατινάξει το αυτοκίνητο που τον μετέφερε στο κέντρο της πόλης των Σκοπίων, με αποτέλεσμα να χάσει οριστικά την όρασή του στο δεξί μάτι.[10]