Η εκκλησία χρονολογείται από τον 10ο αιώνα (ή προγενέστερα). Η σημερινή κατασκευή ξαναχτίστηκε μετά από πυρκαγιά του 1904,[2] και ολοκληρώθηκε το 1909.[3] Το 1998, το ελληνικό κράτος ανέλαβε την ανέγερση νέου τείχους για να διασωθούν τα αρχαία τμήματά του, με δύο εισόδους, την κεντρική προς το Ηγουμενείο και την είσοδο προς το ελληνικό κοιμητήριο, το οποίο μαρτυρεί και διασώζει ένδοξες μνήμες του ελληνισμού της Αιγύπτου.[1]
Στο εσωτερικό της μονής βρίσκεται η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου, όπως και η κατοικία του Πατριάρχη Αλεξανδρείας. Από το 2009, ο ηγούμενος του μοναστηριού είχε τον βαθμό του επισκόπου με τον τίτλο Επίσκοπος Βαβυλώνος. Σε κοντινή απόσταση βρίσκεται, επίσης, η μονή του Αγίου Γεωργίου που ανήκει στην Κοπτική Ορθόδοξη Εκκλησία.
Στις αρχές του 20ου αιώνα, οι Έλληνες είχαν ήδη εγκαταλείψει την Αίγυπτο σε μεγάλους αριθμούς. Το 1904, μια πυρκαγιά προκάλεσε σοβαρές ζημιές στο συγκρότημα[4], ο ναός αναστηλώθηκε, αλλά οι περισσότεροι μοναχοί εγκατέλειψαν το μοναστήρι. Το κτίριο ανακαινίστηκε πλήρως το 1909.
Το συγκρότημα βρίσκεται στη θέση του παλαιού οχυρού του Τραϊανού. Δίπλα στην εκκλησία υπάρχει ένα κτήριο που στεγάζει το Μουσείο του Ελληνορθόδοξου Πατριαρχείου Αλεξανδρείας, που φιλοξενεί συλλογή εικόνων και εκκλησιαστικών σκευών. Στην ίδια την εκκλησία υπάρχει ένα νειλόμετρο (αρχαίο όργανο μέτρησης της στάθμης του ποταμού Νείλου) στο κέντρο. Κάτω από την εκκλησία, στον πρώτο όροφο του προμαχώνα, υπάρχουν παρεκκλήσια και ο τάφος των Πατριαρχών Αλεξανδρείας, αλλά η πρόσβαση σε αυτούς τους χώρους είναι κλειστή για τους ξένους.[5] Αν και η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου είναι ελληνική, ο τρούλος της στεφανώνεται με κοπτικό σταυρό.
Άποψη της Εισόδου στην Μονή του Αγίου Γεωργίου.
Ένα παρεκκλήσι είναι προσαρτημένο στον ναό. Πιστεύεται ότι χτίστηκε στη θέση μιας σπηλιάς όπου κρύφτηκε η Αγία Οικογένεια κατά τη διάρκεια της μετάβασης στην Αίγυπτο. Στην επικράτεια του συγκροτήματος υπάρχει νεκροταφείο με ελληνικά και κοπτικά τμήματα, στο μέσον του οποίου είναι κτισμένος ο ναός της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, ο οποίος χρησιμοποιείται μόνο για κηδείες.
Το κοπτικό μοναστήρι αναφέρθηκε για πρώτη φορά τον 10ο αιώνα· οι πρώτες καταγραφές του ελληνικού μοναστηριού χρονολογούνται στον 15ο αιώνα. Στη δεκαετία του 1550, ο Ρώσος περιηγητής Vasily Poznyakov περιέγραψε το μοναστήρι και τον ναό ως εξής: «Και στην Παλαιά Αίγυπτο υπάρχει μια μεγάλη εκκλησία, του Αγίου Γεωργίου του Παθοφόρου, ένα γυναικείο μοναστήρι και στην εκκλησία, στην αριστερή πλευρά υπάρχει η εικόνα του Αγίου Γεωργίου του Παθοφόρου, πίσω από χάλκινες ράβδους. Πολλά θαύματα και θεραπείες γίνονται από την εικόνα αυτή».[6]
