Η Εθνική Αυτόνομη Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου Ονδούρας (ισπανικά: Federación Nacional Autónoma de Fútbol de Honduras, FENAFUTH) είναι το ανώτατο διοικητικό όργανο όσον αφορά το άθλημα του ποδοσφαίρου στην Ονδούρα. Είναι υπεύθυνη για την οργάνωση και λειτουργία των εθνικών ομάδων ανδρών, γυναικών και νέων της Ονδούρας.
Τα επαγγελματικά πρωταθλήματα της χώρας διοργανόνωνται από την Ένωση Επαγγελματικού Ποδοσφαίρου Ονδούρας (LNFP) υπό την εποπτεία της Εθνικής Αυτόνομης Ομοσπονδίας Ποδοσφαίρου Ονδούρας.
Η Εθνική Αυτόνομη Ομοσπονδία Ποδοσφαίρου Ονδούρας συστάθηκε στις 8 Δεκεμβρίου του 1980 στην Τεγκουσιγκάλπα της Ονδούρας. Ως τότε, την ευθύνη για το άθλημα στη χώρα είχε η Ομοσπονδία Εξωσχολικού Αθλητισμού Ονδούρας. Η ομοσπονδία ιδρύθηκε με πρωτοβουλία του Πέδρο Ατάλα Σιμόν. Κατά τη διάρκεια του πρώτου συνεδρίου υπό την προεδρία του Ενρίκε Μισέλεν, εξελέγησαν ο Δον Πέδρο Ατάλα Σιμόν ως πρόεδρος και ο Ματαμόρος Ντανιέλ Καράσκο ως γενικός γραμματέας.
Η ομοσπονδία συγκροτήθηκε με τη συμφωνία 129 που εκδόθηκε από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας, στρατηγό Πολίκαρπο Πας Γκαρσία, μέσω του Υπουργείου Πολιτισμού και Τουρισμού με βάση το διάταγμα της 23η Ιουνίου του 1975. Ωστόσο, αυτός ο αθλητικός φορέας νομιμοποιήθηκε και αναγνωρίστηκε πλήρως το 1984, όταν το Κογκρέσο της Ονδούρας ενέκρινε το καταστατικό και αναγνώρισε την ομοσπονδία μέσω του Υπουργείου Παιδείας και όχι του Υπουργείου Πολιτισμού και Τουρισμού, όπως αναφέρθηκε στο καταστατικό της. Η πρώτη επίσημη συνάντηση μετά την αναγνώριση από το Κογκρέσο, πραγματοποιήθηκε το 1985 και πρόεδρος εξελέγη ο Κάρλος Σαπάτα Λόμπο.
