Ο θεσμός του κυπέλλου, αποτελεί ταυτόχρονα την πρώτη φάση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών της ΕΠΟ. Η ομάδα που ανακηρύσσεται κυπελλούχος ΕΠΣ Ηρακλείου, αποκτά το δικαίωμα συμμετοχής στο Κύπελλο Ερασιτεχνών.
Για την περίοδο 2014–15, η δομή του πρωταθλήματος της Ε.Π.Σ. Ηρακλείου είναι η εξής:
Α1 Κατηγορία
1ος Όμιλος
2ος Όμιλος
Α2 Κατηγορία
Β΄ Κατηγορία
1ος Όμιλος
2ος Όμιλος
Γ΄ Κατηγορία
Α1 Κατηγορία
Στο πρωτάθλημα της Α1 ΕΠΣ Ηρακλείου συμμετέχουν 20 σύλλογοι χωρισμένοι σε δυο ομίλους των 10. Ο πρωταθλητής και οι ομάδες που υποβιβάζονται κρίνονται μέσω δυο «περιόδων» διπλών αγώνων και στη συνέχεια αγώνων κατάταξης Play Off και Play Out.
Μετά το τέλος της «1ης περιόδου» διπλών αγώνων οι πέντε πρώτες από κάθε όμιλο, σύνολο 10 ομάδες σχηματίζουν τον «Όμιλο Ανόδου». Κάθε ομάδα παίρνει μπόνους βαθμούς εκκίνησης το 1/3 της βαθμολογικής διαφοράς από την 5η και αγωνίζεται σε διπλούς αγώνες μόνο με τις 5 ομάδες του άλλου ομίλου της «1ης περιόδου» (σύνολο 10 αγωνιστικές). Οι πέντε πρώτες ομάδες του «Ομίλου Ανόδου» αυτής της «2ης περιόδου» δίνουν αγώνες κατάταξης (Play Off) για την ανάδειξη πρωταθλητή, εκτός αν η βαθμολογική διαφορά του 1ου με τον 2ο είναι από 5 βαθμούς και πάνω. Στην περίπτωση αυτή ο 1ος του «Ομίλου Ανόδου» αυτόματα ανακηρύσσεται Πρωταθλητής.
Αντίστοιχο είναι και το σύστημα για την ανάδειξη των ομάδων που θα υποβιβαστούν με τη συμμετοχή των 5 τελευταίων κάθε ομίλου της «1ης περιόδου» στον «Όμιλο Υποβιβασμού» της «2ης περιόδου».
Η Ένωση Ηρακλή - Θέρισου που δημιουργήθηκε από τη συγχώνευση των Ηρακλή Ηρακλείου και ΑΟ Θερίσου το 2013, διαλύθηκε και δε συμμετείχε την επόμενη περίοδο σε καμία κατηγορία.
Ο Πατούχας Βιάννου αποχώρησε από το πρωτάθλημα και μάλιστα δήλωσε συμμετοχή για τη Β΄ κατηγορία της επόμενης περιόδου.
Μετά τους αγώνες Play Out η κατάταξη των ομάδων διαμορφώθηκε ως εξής:
Λόγω υποβιβασμού 2 ομάδων από τη Γ΄ Εθνική και της μη ανόδου του Α.Σ. Ρούβα τελικά παρέμεινε στην κατηγορία μόνο ο Ο.Φ. Αρκαλοχωρίου.
Α2 Κατηγορία
Συμμετέχουν 16 ομάδες. Οι δυο πρώτες Ολυμπιακός Χερσονήσου και Ραύκος καθώς και η νικήτρια των Play Off ΑΣ Γόρτυς ανέβηκαν κατηγορία. 6 συνολικά ομάδες υποβιβάστηκαν , οι 3 τελευταίες καθως και 3 που προέκυψαν από τους αγώνες Play Out
Σε δυο ομίλους των 14 ομάδων διεξήχθη η Β΄ Κατηγορία. Οι δυο πρώτες καθε ομίλου ανέβηκαν κατηγορία και οι τρεις τελευταίες υποβιβάστηκαν στη Γ΄ . Τελικά , λογω της μη δήλωσης συμμετοχής στην Α2 της επόμενης περιόδου των ΑΕ Ηρακλής-Θέρισος και Πατούχα , ανέβηκαν κατηγορία και οι τρίτες των δυο ομίλων.[5]
1Ο Ερμής κέρδισε σε αγώνα μπαράζ τη 12η του 1ου ομίλου Γαρίπα[6] αλλά υποβιβάστηκε καθώς ο πρωταθλητής ΕΠΣΗ δεν ανέβηκε στη Γ΄ Εθνική
Γ΄ Κατηγορία
Με 15 ομάδες διεξήχθη το πρωτάθλημα της Γ΄ Κατηγορίας. Εκτός των 4 πρώτων ανέβηκαν κατηγορία κι επιπλέον 5 ομάδες, καλύπτοντας κενά που δημιουργήθηκαν από μη συμμετοχές αλλά και την αύξηση των ομάδων της Β΄ ΕΠΣΗ 2015-16 σε 30 από 28.