Nachdem er 1949 zunächst im indischen Teil Kaschmirs Zuflucht gesucht hatte, floh er 1954 in die Türkei. Dort erlangte er schließlich auch die türkische Staatsangehörigkeit. Alptekin starb am 17. Dezember 1995 in Istanbul im Alter von 94 Jahren. An der feierlichen Trauerprozession nahmen etwa eine Million Menschen teil.
İsa Alptekin ist der Vater des in Deutschland lebenden Exilpolitikers Erkin Alptekin.
