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Émile Allegret schloss sich daraufhin dem französischen Widerstand an. Da er gezwungen war, seine Identität zu verbergen, wurde er Agent der Widerstandsbewegung Organisation civile et militaire. Nach seinem Eintritt in die Gruppe des 6. Arrondissements von Paris[2] führte er Informationsmissionen an der Atlantikküste und insbesondere in Royan durch, wo er die Lage von Befestigungsanlagen und Küstenverteidigungsbatterien aufdeckte. Ihm gelang es, die im Keller des Rathauses von Royan gelagerten Waffen und Munition zu entwenden. Von der Gestapo gejagt, musste er Frankreich verlassen. Er gelangte am 24. Dezember 1942 über die Pyrenäen nach Spanien.
Am 25. Januar 1943 meldete er sich bei der französischen Mission in Gibraltar bei den Freien Französischen Streitkräften.[3] In London angekommen, wurde er am 13. Februar 1943 in die Freien Französischen Streitkräfte eingegliedert und trat am 5. März 1943 der Schwadron „Squadron 342“ der Bombardierungsgruppe „Lorraine“ bei.[4] Er flog am 23. Dezember 1943 und erneut am 5. und 9. Februar 1944 Angriffe gegen deutsche Flugabwehrgeschütze. Während dieser Zeit, im Januar 1944, übernahm Leutnant Allegret das Kommando über das Geschwader „Metz“ und vervielfachte die Bombenangriffe. Anschließend beteiligte er sich am 6. Juni 1944 an der historischen Nebelwandmission für die Landung der US-amerikanischen Truppen an der Küste der Normandie.[2] Am 27. Januar 1945 wurde er im Dienst schwer verletzt. Er beendete den Krieg im Rang eines Hauptmanns. Er führte insgesamt mit „Lorraine“ 55 Bombenangriffe, darunter mehrere Luftbombenanschläge.[2]
Nach dem Krieg begann Émile Allegret eine Karriere als Flugsicherungsingenieur. Er trat 1961 als Ingenieur der Flugsicherungsabteilung in das Secrétariat général de l’aviation civile (Zivilluftfahrtabteilung) ein. Er wurde Leiter des Flughafens Toulouse-Blagnac. Zuletzt war er als Chefassistent am Flughafen Nizza Côte d’Azur tätig, bevor er im Mai 1968 in den Ruhestand ging.[2]
Émile Allegret starb am 22. November 1990 im Alter von 83 Jahren in Vaux-sur-Mer.[2]
Académie nationale de l’air et de l’espace und Lucien Robineau, Les français du ciel, dictionnaire historique, Le Cherche midi, June 2005, 782 p. (ISBN 2-7491-0415-7), p. 29, ALLÉGRET, Émile