Der Name leitet sich wohl ab von Hof des Witilinc. Die älteste urkundlichen Erwähnungen erfolgten um 1100 mit Wolfganch de Witilinchoven, um 1102 mit Bertoldus de Witilinchoven sowie Geroldus und Bertholdus de Witilinchoven (1102), durch das Kloster Allerheiligen, Geroldus de Wittelinchoven wird um 1111 bzw. 1112 im Rotulus Sanpetrinus genannt. 1246 wird erstmals ein Plebanus erwähnt.
In den Jahren 1360 und 1370 wird erstmals eine Dorfkapelle zusammen mit einer Schlosskapelle auf der Burg Steinegg, welche als Filiale zur Pfarrei Vermatingen, dem heutigen Bettmaringen gehört, erwähnt. 1592 wird ein Kirchlein in Wittlekofen konsekriert. Die Kapelle ist dem Heiligen Nikolaus geweiht. Im Jahre 1766 erhielt die Kapelle einen barocken Dachreiter. Der Glöcknerdienst wurde bis 1839 im „Kehrweg“ versehen, dies heißt, dass jeder Bürger zeitweise zum tägliche Läuten verpflichtet wurde. Ursprünglich war der Friedhof um die Kapelle angeordnet. Als die Gemeinde an das Großherzogtum Baden kam, schloss man diesen und errichtete am Ortsrand einen neuen Friedhof.[3] Wittlekofen gehörte die ganze Zeit als Filialgemeinde zur Pfarrei Bettmaringen. Erst mit der Gründung der Seelsorgeeinheit Bonndorf-Wutach kam Wittlekofen auch kirchlich zu Bonndorf.
Waldemar Lutz und Hansjörg Noe (Hrsg.): Kennzeichen WT Heimatkunde für den Landkreis Waldshut, Reinhard Caspers (Mithrsg.), 1989, ISBN 3-12-258330-5
Stadt Tiengen (Hochrhein): Der Klettgau, Franz Schmid (Hrsg.), 1971; (bis heute maßgebliche Monographie, mit Beiträgen von: Ruth Blum, Eugen Fürstos, Richard Gäng, Josef Hirt-Elmer, Josef Isele, Helmut Maurer, Ludwig Mayer, Emil Müller-Ettikon, Heinrich Münz, Helmut Naumann, Alois Nohl, Alfons Peter, Ernst Rüedi, Franz Schmid, Karl Schwarzenberg, Ignatz Stein, Heinz Voellner, Karl Friedrich-Wernet, Hans Jakob Wörner)
↑Statistisches Bundesamt (Hrsg.): Historisches Gemeindeverzeichnis für die Bundesrepublik Deutschland. Namens-, Grenz- und Schlüsselnummernänderungen bei Gemeinden, Kreisen und Regierungsbezirken vom 27.5.1970 bis 31.12.1982. W. Kohlhammer, Stuttgart / Mainz 1983, ISBN 3-17-003263-1, S.522.
↑Artur Riesterer/nach Dr. W. Fauler: Wittlekofen. In: Stadt Bonndorf im Schwarzwald (Hrsg.): Stadt auf dem Schwarzwald Bonndorf. Schillinger, Freiburg im Breisgau 1980, ISBN 3-921340-11-X, S.214–216.