Vojtěch Cikrle erlernte den Beruf eines Gießereiarbeiters, da ihm, der einer durch das kommunistische Regime der damaligen Tschechoslowakei verfolgten Familie entstammte, zunächst ein Studium untersagt wurde. Später holte er das Abitur auf der Mittelschule für Berufstätige in Brünn nach. Nach Ableistung des Militärdienstes (1969–1971) studierte er an der Theologischen Hochschule in Leitmeritz und empfing am 27. Juni 1976 die Priesterweihe für das Bistum Brünn. Anschließend war er als Seelsorger in der Diözese Brünn tätig und wurde 1982 Präfekt und später Regens des Leitmeritzer Priesterseminars.