Unai Etxebarria begann seine Karriere 1996 bei dem baskischen RadsportteamEuskadi, bei dem er bis zu seinem Karriereende bleibt. Normalerweise nahm die Mannschaft nur Fahrer aus dem Baskenland unter Vertrag, da aber seine Eltern Basken sind, kam er trotzdem ins Team. Seinen ersten Erfolg feierte er 1998 bei der Portugal-Rundfahrt, als er zwei Etappen für sich entschied.