Nikolaus Johannes Traugott Freiherr von Stackelberg stammte aus dem baltischen Uradel. Er wurde am 18. März 1891 als Sohn des Pastors Karl Nikolai von Stackelberg in Reval geboren. Nach der Schulzeit in Reval und Berlin studierte er Medizin in Deutschland und Finnland. Aus politischen Gründen wurde er von 1915 bis 1918 nach Nordostsibirien deportiert, wo er, als Arzt tätig, Land und Leute kennen und lieben lernte. Dokument dieser Jahre ist Geliebtes Sibirien (erschienen 1951), ein Bericht von unzerstörter Natur und unbeirrbarer Menschlichkeit. Nach dem Ersten Weltkrieg legte er in Berlin unter Ferdinand Sauerbruch sein Staatsexamen ab und belegte nebenbei Kurse in Porträt- und Aktzeichnen. Ab 1925 lebte von Stackelberg mit seiner Familie als Arzt auf dem Degenhof bei Tengen im Hegau. Im Alter sammelte er seine kleinen, schlichten Erzählungen aus Estland und Russland in den Bänden Wintererzählungen (1953), Cornet der Zarin (1954), Die Bärenkralle (1956) und Der Kutter Kodumaa (1962). Sein einziger Roman, Manon de Carmignac (1952), berichtet von der großen Liebe eines baltischen Barons und einer Berliner Hugenottin. Nach dem Wiedersehen mit Russland im Jahr 1967 erschien sein Reisebericht Auf eigener Fährte (1968). Traugott von Stackelberg starb am 8. November 1970.
Verheiratet war er seit 1920 mit der Fabrikantentochter und Ärztin Helene Lohmann (1895–1964).
Sein Sohn Jürgen Freiherr von Stackelberg (1925–2020) war an der Universität Göttingen Lehrstuhlinhaber für Romanische Philologie.
Maria und Diderk Wirminghaus: Auch das Leben ist eine Kunst. Traugott und Helene von Stackelberg: zwei Lebensbilder. Gmeiner, Meßkirch 2022 (Reihe Hegau-Bibliothek; 189), ISBN 978-3-8392-0229-6.